Между тем обстановка становилась все более тяжелой и на южном берегу Финского залива. В конце июля войска 1-го Прибалтийского фронта генерала Баграмяна отрезали часть германских сил в Риге и западной Эстонии. В попытке восстановить разорванные коммуникации немцы вновь решили применить тяжелую артиллерию кораблей. Утром 19 июля "Ойген" вышел в море в сопровождении 2-й флотилии миноносцев. В Ирбенском проливе к нему присоединились еще 4 эсминца, и вечером отряд вошел в Рижский залив. Его целью был город Туккумс, находившийся вблизи от побережья и являвшийся важным транспортным центром. "Ойген" выпустил все 3 гидросамолета, и в утреннем тумане 20 июля открыл огонь из орудий главного калибра. Всего за этот день он выполнил три заявки армии и, по немецкой версии, привел к молчанию советскую армейскую батарею к северу от Туккумса. Контр- адмирал Тиле, командовавший операцией, решил прервать поддержку войск ввиду неясной обстановки и отсутствия дальнейших запросов о поддержке с суши. На следующий день крейсер вернулся в Готенхафен.
Вновь ему пришлось посетить восточную Балтику в сентябре. На сей раз предусматривалась комбинированная операция в духе действия немцев против своих бывших союзников. Пользуясь расстроенным состоянием дел капитулировавших итальянцев, германские силы захватили в 1943 году ряд островов в Эгейском море, создав на них сильный укрепрайон и значительно осложнив жизнь союзникам. Теперь настала очередь финнов. После их выхода из войны в начале сентября 1944 года Гитлер отдал приказ занять остров Гогланд - ключевую позицию в Финском заливе, "сменив" финский гарнизон. "Ойген" огнем своих 203-мм орудий должен был в случае необходимости поддержать высадку.
Вечером 12. сентября тяжелый крейсер под флагом вице-адмирала Тиле, произведенного в следующий чин и ставшего командиром 2-й боевой группы (в составе "Ойгена", "Лютцова" и 6-й флотилии эсминцев), вышел в море в сопровождении 4 миноносцев. Осторожный адмирал приказал не пересекать 22-й меридиан, оставаясь к западу от него. Это означало, что отряд останется в 200 милях от места действия и не сможет быстро среагировать в случае необходимости. Обеспечение действий осуществлял танкер "Лисса Эссбергер", обосновавшийся в Моонзунде между островами Эзель и Даго. Вторжение намечалось на 200 15 сентября, и 14-го отряд Тиле начал выдвижение в Финский залив. Однако с суши поступали неутешительные сообщения: финны оказали серьезное сопротивление, а десант попал под непрерывные атаки советской авиации. Она обнаружила также соединение "Ойгена" и в ожидании нападения крейсер взял курс на Моонзунд, отправив миноносцы к северу от остовов. Все 16 сентября "Принц" простоял на якоре в заливе Тага, тогда как искавшие его самолеты обрушили удары на бывший эскорт. На следующий день он отправился обратно в Готенхафен, как обычно избежав неприятностей, но и не нанеся противнику никакого ущерба.
Но уже 21 сентября ему снова пришлось выйти к финским берегам. Ставки в этот раз повысились: необходимо было прикрыть отступление немецких войск из Финляндии, отошедших к Кеми и погруженных там на транспорты. Задача тяжелых кораблей 2-й боевой группы состояла в борьбе с береговыми батареями на Аландских островах - в том случае, если они начнут стрельбу по отходящим судам. Силы Тиле включали "Ойген", "Лютцов", 4 эсминца и 3 миноносца. Утром 23-го они уже вышли в заданную точку, однако вмешательство не понадобилось: все суда и военные корабли из Кеми благополучно миновали финские батареи уже к 10 утра. Боевая группа вернулась в Готенхафен 25 сентября, вновь не сделав ни единого выстрела из тяжелых орудий.
Зато в следующем походе артиллеристам "Ойгена" пришлось потрудиться. Наступающие советские войска достигли Клайпеды и 2-я боевая группа в полном составе подошла 11 октября к побережью, открыв огонь по наземным целям. С берега ответили полевые батареи, не добившиеся успеха, а с воздуха атаковала авиация. В результате обстрела из бортового оружия крейсер получил легкие повреждения, а персонал зениток понес небольшие потери. За этот и следующий день "Принц" выпустил 633 тяжелых снаряда, получил благодарность от командования дивизии "Великая Германия", но реальный эффект его огня остался неизвестным.
Заправившись и пополнив боезапас, "Ойген" через день вновь стрелял по берегу, выпустив еще 246 203- мм снарядов. Снова он испытывал затруднения с корректировкой, но тем не менее, на следующее утро крейсер вновь находился у берега (на ночь он отходил в открытое море). К нему присоединился "Лютцов", принявший наконец свои тяжелые снаряды. Расход 8- дюймовых снарядов достиг 368 штук; всего было обстреляно 18 целей. Долго не выпускавший ни одного снаряда корабль менее чем за неделю лишился свыше половины всех отпущенных для него снарядов! Пришлось срочно организовать доставку боезапаса из баз западной Германии и даже из Норвегии.