Ходовые испытания головного крейсера «Могами» начались в марте 1935 г. испытания показали, что остойчивость корабля находится в допустимых пределах, однако были выявлены серьезные проблемы, связанные с прочностью сварного корпуса крейсера. После ходовых испытаний крейсер прошел ремонт, но корпуса крейсеров «Могами» и «Микума» снова «затрещали», когда оба крейсера попали в тайфун. Оба крейсера после того похода очутились в сухих доках порта Куре. Испытания крейсера «Сузуя» так же завершились постановкой корабля для восстановительного ремонта в сухой док. Интенсивная реконструкция продолжалась до 1937 г. — сварную обшивку местами поменяли на клепанную, заодно вдвое увеличив толщину обшивки в районе киля, были увеличены размеры бортовых булсй. На этом преобразования крейсеров не закончились — из них было решено сделать суперкорабли. «Могами», «Микума», «Сузуя» и «Кумано», заодно с «Тоне» и «Чикума», поставили в сухие доки снова 1939 г. с целью замены башен и артиллерии главного калибра — в двери Японии постучалась война. В результате к началу Второй мировой войны Императорский японский флот насчитывал 18 тяжелых крейсеров. Построенный в Куре последний «модернизированный Сузуя» получил наименование «Ибуки». Крейсер не достроили — до высокой степени готовности был доведен только его корпус. Позже корпус отбуксировали из Курс в Сасебо для достройки в качестве легкого крейсера. Работу остановили в 1945 г. Притопленный корпус крейсера был обнаружен американцами 25 сентября 1945 г. в заливе Ибису, что в окрестностях Сасебо.
Изначально крейсера типа «Тоне» конструктивно не отличались от крейсеров типа «Могами», но требования Генерального штаба Императорского японского флота постоянно менялись, вслед за ними менялся облик крейсеров. «Тоне» и «Чикума» перепроектировали под размещение гидросамолетов большего размера. Эти корабли получили возможность принимать на борт гидросамолеты-разведчики ближнего радиуса действия, но и дальние разведчики. Для гидроавиации полностью расчистили кормовую палубу, сосредоточив всю артиллерию главного калибра в носу корабля в четырех трехорудийных башнях. Затем четыре башни с тремя пушками калибра 155 мм каждая заменили четырьмя двухорудийными башнями с 203-мм пушками, после чего корабли попали под определение тяжелые крейсера класса «А». До стандарта крейсеров класса «А» довели также крейсера типа «Могами».
Линии развития японских тяжелых и легких крейсеров пересекаются. Первые три тяжелых крейсера класса «А» стали развитием легкого крейсера «Юбари», последние же две серии тяжелых крейсеров проектировались и строились как крейсера класса «В», то есть легкие крейсера, но позже были доведены до стандартов тяжелых крейсеров класса «А». Таким необычным и дорогостоящим способом японский флот к началу Второй мировой войны получил 18 тяжелых крейсеров.
Спецификация Императорского японского военного флота предусматривала окраску всех военных кораблей в один цвет — серый (примерно FS595: 35164), но на каждом из четырех основных судостроительных заводов — Сасебо, куре, Майзури и Йокосука — использовалась краска своего оттенка, при этом ни один оттенок точно не совпадал с цветом, установленным требованиями ВМС.
Корпуса ниже ватерлиний окрашивались красно-коричневой грунтовкой. Верхние части дымовых труб и верхние части мачт — в глянцевый черный цвет. В 1942–1943 г.г. верхние части мачт и оптические дальномеры на крышах мостиков иногда перекрашивались в белый цвет. Линолеум, которым застилались палубы, имел розовато-песочный цвет, линолеум крепился к палубе тонкими медными полосами. Тенты чаще всего были кремовые или белые.
Крейсера «Начи» и «Майя», входившие в состав Северного флота имели окрашенные в белый цвет задние поверхности дымовых труб. «Миоко», который в конце войны использовался в качестве неподвижной зенитной батареи у Селетара, был окрашен в стандартный средне — серый цвет, по которому нанесли камуфляжные пятна темносерого цвета.