Сварной герметичный бронированный корпус выполнен из алюминиевого броневого сплава; уширение корпуса в верней части образует большие надгусеничные ниши с вертикальными бортами. Лобовые листы корпуса расположены с наклоном к вертикали и формируют выпуклую ломаную линию в вертикальном продольном сечении. Наклон лобовых листов и характерные «скулы» корпуса несколько увеличивают защищенность лобовой проекции. В то же время размеры и форма корпуса призваны обеспечить максимально возможную вместимость машины при жестких ограничениях по массе и допустимой высоте, определяемых требованиями парашютного десантирования из самолетов военно-транспортной авиации. В нижней части корпуса выполнены усиленные бортовые скосы – реданы.
Механик-водитель, как и в БМД-3, располагается в отделении управления по оси машины. На его рабочем месте смонтированы органы управления, включая регулируемую рулевую колонку. Справа и слева от места механика-водителя расположено по два универсальных сиденья на возвышенном полике. Над местами механика- водителя и находящегося справа от него десантника в крыше имеются люки с откидными крышками. Рабочее место механика-водителя оборудовано тремя перископическими приборами наблюдения ТНГТО-170А; средний прибор может заменяться ночным прибором наблюдения.
С левой стороны в передней части корпуса на крыше смонтирована поворотная командирская башенка с автономной закрытой пулеметной установкой 7,62-мм пулемета ПКТ (ПКТМ) с наружной системой питания и прицелом 1П67М. Башенка снабжена прибором наблюдения ТКН-ЗМБ с осветителем ОУ-ЗГА, перископическими приборами наблюдения ТНПТ-1 и ТНПО-170А, подъемным механизмом и верхним люком. Универсальное сиденье командира-оператора связано с верхним погоном башенки и вращается вместе с ней (поворотная башенка с дистанционно-управляемым 7,62-мм пулеметом ставилась еще на опытный вариант БТР-Д, но тогда от нее отказались).
В правой части отделения управления смонтирована курсовая установка, рассчитанная на размещение 5,45-мм ручного пулемета РПКС74 либо автомата АКС74 (АК74М), над ней находится перископический прицел-прибор наблюдения ТНПП-220А. В бортах средней части и в крышке кормового люка смонтированы три шаровые установки с заслонками, предназначенные для стрельбы из индивидуального оружия десанта. На верхнем лобовом листе корпуса крепятся два блока дымовых гранатометов системы «Туча».
В средней части корпуса установлены откидывающиеся к борту двухместные сиденья со складными спинками – по три на борт. Десантники размещаются на сиденьях лицом по ходу машины; сиденья снабжены комплектом привязных ремней. Для посадки и высадки десанта служат большой кормовой люк и два прямоугольных люка в крыше корпуса.
Позади мест десантников с левой стороны в средней части корпуса расположен отсек с автономным энергоагрегатом, с правой стороны – короб воздуховода с выдвигающейся воздухозаборной трубой и система очистки наружного воздуха с ФВУ, включающей нагнетатель, фильтр тонкой очистки, фильтр-поглотитель и воздуховоды. Воздуховоды дают возможность направленной регулируемой подачи очищенного воздуха в зону рабочих мест. К воздуховодам могут подсоединяться индивидуальные средства защиты органов дыхания – например, полумаски.
Каждое универсальное сиденье экипажа в наземном положении («сидя») крепится штангой на кронштейн с внутренней стороны крыши корпуса. В положении для десантирования оно отсоединяется от кронштейна, опускается на упор, связанный с возвышенным поликом, и откидывается. При десантировании внутри машины десантник, разместившись на сидении, затягивает ремни привязной системы, голову опирает на заголовник сидения, ступни ног – на подножку на полике. Как и в базовой машине, крепление универсальных сидений к крыше увеличивает в наземном положении защищенность десантников при подрыве на мине или фугасе.
Немаловажным новшеством в БТР-МД стала установка на днище в отделении управления и среднем отделении электронагревательных устройств, работающих совместно с электровентилятором и обеспечивающих обогрев обитаемого объема бронетранспортера в режиме рециркуляции. Воздух забирается непосредственно из обитаемого объема и после нагрева подается из-под возвышенного полика (на БМД-3 и БМД-4 такую систему не использовали).
Силовой блок, трансмиссия, ходовая часть и органы управления БТР-МД в целом аналогичны БМД-3 (БМД-4).