Правда, заранее продуманная преемственность двигателей для Р-7 и Р-9 по диаметру камер сгорания позволила уже в 1959 г. приступить к отработке экспериментального двигателя с использованием частей камер сгорания, турбонасосного агрегата с газогенератором и элементов топливной арматуры от двигателя «семерки» РД-107. При этом для обеспечения возможности форсирования камеры по давлению при ограниченной мощности серийного турбонасосного агрегата экспериментальный двигатель изготовили в двухкамерном исполнении. Основной задачей на этом этапе стал подбор оптимальных конструкций элементов камеры, в первую очередь – форсуночной головки. В ходе исследований на экспериментальном двигателе провели 63 огневых стендовых испытания, при этом уровень давления в камере довели до 81 кг/см² – величины, превышающей уровень, принятый для РД-111. Одновременно велась автономная отработка турбонасосного агрегата, его газогенератора, элементов арматуры и автоматики двигателя. В частности, было испытано много вариантов камеры газогенератора.
Для ускорения начала летных испытаний временный старт для Р-9А – площадку 51 – соорудили на НИИП-5 (он же полигон Тюра- Там, он же «космодром Байконур») на удалении всего в 300 м от площадки №1, с которой пускали «семерки». Это позволило использовать ранее созданное заправочное и другое оборудование, но грозило разрушением обоих стартов в случае аварии.
Однако авария, точнее, страшная катастрофа поджидала не «девятку», а опережающую ее по ходу отработки Р-16. Гибель Главнокомандующего Ракетными войсками маршала М.Ф. Неделина и еще 91 ракетчика в результате несанкционированного включения двигателя при работах по устранению неполадок на ракете 24 октября 1960 г. грозила любыми «оргвыводами», вплоть до прекращения разработки Р-16, но руководство страны проявило достойную мудрость. Гонка подлипчан и днепропетровцев продолжалась, и вновь впереди оказался Янгель и его сотрудники. Частично успешный старт второй летной машины Р-16 состоялся 2 февраля 1961 г., а спустя месяц и один день третья ракета слетала почти безукоризненно.
За три дня до полета Ю.А. Гагарина, в отсутствие главного конструктора, занятого подготовкой пилотируемого запуска, был предпринят первый старт Р-9А. Он едва не сорвался из-за утечки кислорода в фланцевом соединении у стартового стола. Как вспоминал Б.Е. Черток, заместитель Королева Л.А. Воскресенский проявил немалое мужество и смекалку (в духе барона Мюнхгаузена), перекрыв течь беретом, смоченным «биологической жидкостью» и мгновенно замерзшим в парах кислорода. К сожалению, из-за отказа одного из клапанов ракета потеряла управляемость на участке работы второй ступени.
Второй пуск был успешно проведен 21 апреля уже в присутствии Королева. Однако при третьем пуске ракета упала и разрушила старт. Погиб человек, вопреки инструкциям находившийся в потерне. Причиной этой аварии (также, как и по крайне мере двух третей последующих неудач) стали высокочастотные колебания в камере двигателя. Из 15 пусков, выполненных до 26 октября, только шесть можно было отнести к числу удовлетворительных. Испытания прервали почти на пять месяцев для доработки двигателей: изменили систему пуска, а камеры укоротили на 120 мм.
Последующие три пуска, начиная с 21 марта 1962 г., оказались неудачными, но не из-за отказов первой ступени. Однако 20 апреля на 35-й секунде работы первой ступени разрушился шланг горючего. Ввели дополнительный кронштейн для его крепления и с 24 апреля по 29 июля 1962 г. провели еще восемь успешных пусков.
Заказчик, тем не менее, не рекомендовал комплекс к принятию на вооружение, так как длительность предстартовой подготовки наземного старта комплекса «Десна-Н» составила 2 ч, что втрое превышало подлетное время МБР вероятного противника. Разработка наземного боевого ракетного комплекса «Десна-Н» велась В.П. Барминым исходя из технических решений, реализованных в ранее созданных комплексах с королевскими и янгелевскими изделиями. Еще до первых пусков Р-9А стало ясно, что для комплекса «Десна-Н» не удастся обеспечить заданную постановлением возможность пуска ракеты через 30-45 мин после поступления команды из режима готовности, непрерывно поддерживаемого в течение года. Длительно хранить кислород в баках ракеты было невозможно. Между тем, ракета Р-16 при необходимости могла до месяца стоять с заправленными баками с обеспечением получасовой готовности к пуску.
Учитывая решающую важность длительного поддержания показателей готовности, близких к подлетному времени ракет противника, Королев поручил сотрудникам своего ОКБ-1 проработать основные технические решения по новому наземному комплексу.