В январе 1981 г. Б-413 приняла участие во флотских учениях по противодействию иностранным подводным лодкам в Баренцевом море. В мае-июне 1981 г. корабль встал в док в поселке Росляково. В июле на рубке подводной лодки появляется звезда, обозначающая присвоение звания «Лучшая подводная лодка по торпедной подготовке в ВМФ среди дизель- электрических подводных лодок». Вскоре Б-413 пришлось на деле подтвердить правомерность полученного звания.
В период с 6 по 13 июля 1981 г. Б-413 в составе бригады аналогичных кораблей приняла участие в оперативном командноштабном учении на тему: «Завоевание господства в Баренцевом и Норвежском морях в интересах оперативного развертывания сил флота и обеспечения боевой устойчивости РПК СН». Подводные лодки бригады выполнили боевое упражнение по атаке отряда боевых кораблей «противника». По результатам учений все лодки бригады получили оценку «отлично», а по итогам года 69-я бригада ПЛ была награждена переходящим призом ГК ВМФ «За отличную торпедную стрельбу». В этом была заслуга экипажа и командира лодки капитана 2 ранга М.И. Жаренова.
В 1985-1986 гг. Б-413 несла боевую службу в Средиземном море и входила в оперативное подчинение командованию 5-й Средиземноморской эскадры. Для межпоходового ремонта и кратковременного отдыха личного состава лодка посетила Ливан, Тунис и Сирию. В учениях по торпедным стрельбам, проводимых 5-й Средиземноморской эскадрой, принимала участие и Б-413. В качестве корабля-цели выступал крейсер «Киев». Экипаж подводной лодки успешно справился с поставленными задачами. Выпущенные торпеды прошли под корпусом крейсера, таким образом экипаж ПЛ в очередной раз подтвердил высокое звание «отличного корабля».
В начале 1987 г. лодка прошла подготовку к походу в Средиземное море с последующим ремонтом в Югославии на судоремонтном заводе в городе Тивате. Ремонт шел напряженно. Командование Северного флота приняло решение о полной смене экипажа для ускорения сроков ремонта. После окончания ремонта корабль направился на боевую службу, которая продолжалась 8,5 месяцев. В начале апреля 1988 г. Б-413 возвратилась в Полярный и в мае 1988 г. встала в 35-й СРЗ для докового ремонта.
В конце года Б-413 под командованием капитана 3 ранга А.А. Федорова ушла на боевую службу в центральную Атлантику и в Средиземное море (продолжительность – 181 день). В базу подводная лодка вернулась только в начале апреля 1989 г.
В конце июня 1990 г. Б-413 под командованием капитана 3 ранга А.Ф. Сорокина, в соответствии с директивой ГШ ВМФ, убыла к новому месту дислокации в город Лиепая (Латвия) и вошла в состав 14-й эскадры 22-й бригады подводных лодок Балтийского флота.
Однако последовавший в 1991 г. развал страны резко изменил судьбы подводников и их кораблей. Тем не менее судьба ПЛ Б-413 оказалась более удачной, чем у других кораблей. После долгих мытарств, в июне 1992 г., лодка встала на ремонт на СРЗ 29 (Лиепая). Ремонт производится вяло: у флота денег не было, а рабочие требовали оплаты своего труда. В то сложное для всего отечественного флота время командиром ПЛ был назначен капитан 3 ранга В .Т. Ушаков.
Наконец, в 1994 г. наш флот покинул Латвию, ставшую к этому времени независимым государством. При этом в Латвии были оставлены 22 подводные лодки, плавдок и другое имущество. Что касается Б-413, то ее перевели в Кронштадт для продолжения ремонта. В декабре 1997 г. министр культуры РФ П.Л. Дементьева обратилась к Премьер-министру B.C. Черномырдину с просьбой перевести лодку в Калининград и передать ее Музею Мирового океана. Активное участие в судьбе лодки приняли командующий БФ адмирал В.Г. Егоров и его заместитель – вице-адмирал В.А. Кравченко.
В сентябре 1999 г. лодку перевели в главную базу Балтийского флота – Балтийск. Таким образом, после 21 года службы, лодка была исключена из боевого состава флота.