Из воспоминаний А.Г. Шипунова: «В целом, обстановка в нашей работе по совершенствованию «Тунгуски» была благоприятной. Все участники кооперации работали на одну задачу. Конечно, в какой-то степени мы продолжали соперничать с созданным к тому времени «Тором», хотя наша система не была всепогодной из-за того, что на начальных этапах не нашлось подходящих решений для создания таких средств автоматического сопровождения. Но ко времени создания варианта «Тунгуска-M1» решения были найдены, и получилось очень неплохо — на демонстрационных испытаниях было получено прямое попадание в такую сложную мишень, как Е-95. Однако это было уже в 1990-е годы, когда настали другие времена. «Тунгуска-М1» прошла испытания, но ее долго не принимали на вооружение. Формальной причиной было то, что выдвинутыми в этом десятилетии новыми требованиями предусматривалось наличие для комплекса отечественной базы производства. Поэтому вместо ГМ-352 белорусского производства «Тунгуска-М 1» получила шасси ГМ-5975 Мытищинского производственного объединения «Метровагонмаш». Особых возражений там не было, но наша боевая машина поначалу потеряла ряд своих ценных качеств, в том числе гидропневматическую подвеску. Я всеми силами сопротивлялся такому подходу, выступал на совещаниях, говорил, что это резко снизит точность стрельбы, особенно в движении. Понемногу ко мне начали прислушиваться, и современен нам удалось общими усилиями довести машину до необходимого уровня».
В окончательном виде модернизированная «Тунгуска-М 1» была принята на вооружение 2 сентября 2003 г.
Этот вариант комплекса обеспечивает стрельбу зенитными автоматами с места, коротких остановок и в движении в любое время суток и любых погодных условиях, а ракетами с места — в условиях визуальной видимости.
Кроме боевых средств, в состав ЗПРК «Тунгуска-М1» входят средства технического обслуживания и ремонта и учебно-тренировочные средства.
В состав средств технического обслуживания и ремонта входят: транспортно-заряжающая машина 2Ф77М; машина ремонта и технического обслуживания 1Р10-1 Ml; машина технического обслуживания 2В110-1; машина ремонта и технического обслуживания 2Ф55-1М1; машина (мастерская технического обслуживания) МТО-АГЗ-М1.
Транспортно-заряжающая машина 2Ф77М предназначена для транспортирования 32 коробов с выстрелами и восьми ракет, а также для снаряжения или расснаряжения патронных лент.
Машины технического обслуживания и ремонта обеспечивают проведение планового технического обслуживания и текущего ремонта радиолокационной и цифровой вычислительной аппаратуры, электрооборудования, гусеничных шасси и автомобилей, восстановление работоспособности механических сборочных единиц, перевозку, хранение группового комплекта ЗИП и учебно-тренировочных средств.
Для проверки ЗУР на базах хранения применяется автоматизированная контрольно-испытательная подвижная станция 9В921М.
В состав учебно-тренировочных средств входят: тренировочное устройство для командира ЗСУ и оператора РЛС 1РЛ912М; автономный тренажер наводчика оптического прицела 9Ф810М; учебный класс изучения материальной части ЗСУ и приемов ее эксплуатации.
Тренировочные средства, находящиеся в составе комплекса, обеспечивают в сочетании с работой по реальным воздушным целям возможность привития расчетам твердых навыков боевой работы в сложных условиях.
Организационно ЗПРК «Тунгуска- M1», как правило, образует зенитноартиллерийскую батарею, которая может входить в состав зенитного дивизиона мотострелкового или танкового полка, бригады, дивизии. В составе батареи обычно имеются отделение управления и три зенитных взвода.
Зенитный взвод является основным тактико-огневым подразделением, оптимальный состав которого предполагает наличие двух боевых и двух транспортно-заряжающих машин. Взвод такого состава способен вести боевые действия и выполнять боевые задачи в составе батареи или самостоятельно.