Таким образом, при выборе системы управления исходили из применения активной системы самонаведения только на конечном участке траектории. Но она не могла обеспечить управление на предшествующих фазах полета. Исходя из относительно малой дальности полета катерной ракеты, ограниченной возможностями радиолокационных поисковых средств катера, оказалось допустимым применить автономную систему с автопилотом, без радиокоррекции от корабельных средств. Даже скоростная цель за время автономного участка полета ракеты смогла бы пройти не более чем на 1 км.
Основой бортовой аппаратуры ракеты являлась головка самонаведения МС-2, созданная в КБ-1 коллективом конструкторов во главе с Яковом Ивановичем Павловым. По данным справочника «Джейн», она работала на одной из четырех фиксированных частот в диапазоне 8-10 ГГц.
Послестартовое управление ракетой осуществлялось автопилотом АП-15. Высота полета определялась по данным баровысотомера (статоскопа) и поддерживалась постоянной – 300 м. При достижении ракетой установленного значения пройденной дальности головка самонаведения включалась на излучение и, сканируя в горизонтальной плоскости, начинала поиск цели на заданном удалении с допуском ±1 км. После приема восьми ответных импульсов она переключала на себя управление ракетой. Протяженность последующего участка самонаведения составляла от 5 до 12 км.
Использование ракет обеспечивалось корабельной аппаратурой комплекса, прежде всего разработанной в НИИ-49 (в настоящее время ЦНИИ «Гранит») коллективом конструкторов во главе с Виктором Андреевичем Кучеровым РЛС «Рангоут», работавшей, согласно справочнику «Джейн», в диапазоне 8-12 ГГц на четырех фиксированных частотах, разнесенных в диапазоне шириной ±10 МГц. Станция «Рангоут» имела два уровня мощности (20 и 100 Вт) и могла осуществлять круговой обзор с частотой 4 или 12 об/мин. Исходя из элементарных геометрических расчетов при размещении антенны РЛС на мачте катера примерно в 10 м от водной поверхности надстройки корабля противника высотой 20-30 м могли быть обнаружены на удалении 25-28 км. При обычных показателях рефракции дальность обнаружения должна была увеличиться до 30-35 км. Однако разработчиков РЛС ожидал приятный сюрприз: тот самый редчайший случай, когда показатели системы не только не ухудшаются, но и возрастают в процессе отработки. При проведении экспериментальных работ выяснилось, что при функционировании РЛС данного диапазона частот с расположенной на малой высоте антенной образуется своего рода канал распространения излучения вдоль водной поверхности на дальности, намного превышающей удаление геометрического горизонта. При благоприятных условиях крупная цель фиксировалась на дальности до 60 морских миль (112 км). Как правило, крейсер пр. 68бис катерная РЛС обнаруживала на расстоянии 60-80 км. В свою очередь, ракетный катер засекался РЛС крейсера на дальности 20-30 км. Тем не менее считалось удовлетворительным и гарантированное обнаружение эсминца катерной РЛС на удалении 24 км. В качестве резервного оптического средства прицеливания использовался визир ПМК-453.
После обнаружения цели подключался корабельный прибор управления стрельбой «Клен», разработанный под руководством главного конструктора Алексея Алексеевича Мошкова в Морском НИИ-1.
Для выработки выдаваемого на борт ракеты полетного задания наряду с данными о координатах, скорости и курсе цели, поступающими в аппаратуру «Клен» от РЛС «Рангоут», в нее вводились величины собственной скорости и курса стреляющего катера, текущие параметры килевой и бортовой качки. В ходе предстартовой подготовки катеру нужно было на скорости не менее 15 узлов на протяжении нескольких минут выдерживать с точностью до ±10-15° постоянный курс, совпадающий с направлением на точку встречи ракеты с целью.