На стадии аванпроекта система управления для «Базальта» создавалась на конкурсных началах НИИ-10 и НИИ-49. По результатам аванпроекта предпочтение было отдано НИИ-49, применившему, как и в комплексе П-6, единый антенный пост для управления всеми ракетами залпа, в то время как в варианте НИИ-10, как и в корабельном комплексе П-35,предусматривалось использование нескольких антенных постов – по числу ракет в залпе.
Увеличение дальности действия радиолокационного визира и линий связи ракеты и корабля достигалось как наращиванием потенциала передатчиков в сочетании с повышением чувствительности приемников, так и увеличением высоты полета ракеты, обеспечивающим дальнейшее удаление границы радиогоризонта. При этом для надежной работы бортовой радиолокационной аппаратуры потребовалось достигнуть гарантированной герметичности приборного отсека, что удалось далеко не сразу.
Разработкой СУ в целом в НИИ-49 руководил В.Н. Яковлев, бортовой аппаратуры -А.В. Чижов, корабельной аппаратуры для подводных лодок – Е.Я. Кац, для авианесущих крейсеров – С.И. Червяков, для ракетных крейсеров – Г.А. Васильев.
При сохранении важнейшего достижения комплекса П-6 – обеспечения избирательного целераспределения ракет залпа в соответствии с командами операторов, наблюдавших транслируемые с борта ракет радиолокационные изображения ордера кораблей противника: специалисты НИИ-49 постарались устранить повышавший уязвимость ракеты недостаток предыдущей разработки – непрерывное удержание цели работающей на излучение головкой самонаведения. В новом комплексе после завершения целераспределения и захвата цели головка самонаведения отключалась, ракета пикировала, «ныряя» за радиогоризонт, прикрывавший ее от радиолокационных средств противника. Дальнейший полет осуществлялся в автономном режиме, исходя из определенных на этапе целераспределения координат назначенной для данной ракеты цели. Повторное включение бортовой радиолокационной аппаратуры производилось уже на заключительном этапе полета. Предусматривалось, что за пару минут «молчания» головки самонаведения главная цель не успеет уйти далеко и сменить свое относительное положение в ордере.
Для решения сложных задач, стоящих перед системой управления, впервые в СССР на крылатой ракете установили бортовую цифровую вычислительную машину (БЦВМ).
Почти двукратный рост скорости ракеты потребовал отойти от прямой унификации с П-6, хотя ряд основополагающих конструктивных решений – раскрываемые при старте консоли крыла, нижнее расположение воздухозаборника, киля и стартового агрегата – был успешно заимствован у предыдущих образцов.
Для минимизации потерь давления в воздухозаборнике в нем установили двух- позиционное полуконическое центральное тело – устройство более сложной конструкции, чем применявшееся на П-35. Для достижения большей скорости потребовалось применение более крупногабаритного двигателя КР-21 -300. Диаметр ракеты в хвостовой части заметно увеличился, а воздухозаборник сдвинулся вперед по отношению к передней кромке корневой части крыла, заняв место под передней половиной фюзеляжа.
Само крыло радикально изменило форму: от стреловидного к треугольному, а точнее, к трапециевидному, с отрицательной стреловидностью по задней кромке. В результате требуемая площадь достигалась при меньшем размахе, что было важно в условиях жестких габаритных ограничений контейнера. Новая конструкция позволяла с меньшим весом обеспечить достаточную жесткость и прочность конструкции. Придание крылу значительного поперечного V наряду с обеспечением поперечной устойчивости также способствовало уменьшению габаритов в сложенном положении. Стала треугольной и форма подфюзеляжного киля.
Надо отметить, что наиболее ответственный этап разработки этого изделия пришелся на один из самых неблагоприятных периодов в жизни В.Н. Челомея. После снятия с высших должностей Н.С. Хрущева, отца работавшего на его «фирме» Сергея Никитовича, в Реутов прибыла своего рода «комиссия по расследованию вредительской деятельности». К чести многих ее участников отметим, что они, как правило, занимали объективную позицию, что способствовало дальнейшей успешной деятельности Челомея. Были продолжены и блестяще завершены разработки первой советской массовой межконтинентальной баллистической ракеты УР-100 и наиболее мощной (до настоящего времени!) отечественной серийной ракеты-носителя УР-500К («Протон»), Также не вызвала сомнений целесообразность создания более совершенной, чем «Аметист», противокорабельной ракеты с подводным стартом «Малахит».
А вот место «Базальта» в системе вооружения флота пришлось отвоевывать по всем правилам военного искусства: с ложным бегством, отвлекающими маневрами на направлениях ложных ударов и последующим восстановлением утраченных позиций. Во второй половине 1960-х гг. надводный старт ракет справедливо представлялся анахронизмом. Формально не прекращая тему «Базальт», Челомей и его смежники еще в первой половине 1960-х гг. начали разработку модификации, а по сути нового комплекса – «Базальт-П».