Зимой 1977-1978 гг. Р.Е. Алексеев приступил к испытаниям. 7 декабря он впервые пилотировал новый экраноплан. Первые же результаты показали, что эффективность винтового поддува выше турбореактивного, а воздушно- амортизирующее устройство значительно снижает нагруженность и повышает проходимость экраноплана. Затем состоялись всесторонние испытания на Горьковском водохранилище в летних и зимних условиях. В процессе этих испытаний регистрировались параметры движения, прочности и изучалась работоспособность .материальной части, фиксировались метеоусловия и производилась запись волнения.
Вместе с тем выяснилось, что аппарат недостаточно устойчив в продольном направлении и плохо управляется по курсу. Алексеев принял решение изменить соотношение элементов компоновки в части составного крыла. Были проведены исследования на аэротрубной и трековой моделях, и в 1978 г. конструкция подверглись изменениям: расширили купол, консоли удалили от экрана и установили на них подруливающие устройства – двигатели малой мощности с воздушными винтами. В процессе доработки конструкции появилась идея аэрации баллонов корпуса и скег с целью снижения сопротивления. Идея была реализована в виде дополнительных воздушных каналов в пневмобаллонах корпуса и скег. После этого испытания продолжились. Специальные «выходы» показали, что аппарат достаточно устойчив, но аэрация ощутимого эффекта не дала.
Почти все экспериментальные работы проводились в филиале. Каждый понедельник Алексеев приезжал оттуда в ЦКБ с огромным количеством данных. На моделях было проработано и испытано множество вариантов схем и компоновок, прежде чем сформировались основные черты экранопланов второго поколения. Работа шла сразу по нескольким направлениям: по теме «Взлет», по заказам головных институтов оборонных отраслей и по гражданскому направлению. И все они требовали проведения модельных испытаний, в частности трековых. Но, хотя на испытательной базе имелось все необходимое оборудование, Алексеев постоянно наталкивался на сопротивление руководства филиала: ему официально не разрешали испытывать катапультируемые модели. Тогда он со своей командой начал нелегально посещать трек в нерабочее время. Узнав об этом, руководство приказало отключить электропитание. Стали работать без освещения, перешли на катапульту из резинового жгута. Одновременно проектировали маятниковую катапульту. Тогда пожарные заколотили и опечатали двери трека. Пришлось Алексееву со своей командой перейти на глубокую конспирацию. В боковой стене трека, на безлюдной стороне, была сделана маленькая дверца с собственным замком. И дело продвигалось. Тогда не стали давать разрешение на открытие ворот эллинга для вывода СМ-9 на испытания, хотя модель проходила по теме «Взлет». Вот в таких условиях лауреату Ленинской и Государственной премий, доктору технических наук приходилось украдкой создавать перспективную технику. Можно ли представить подобную абсурдную ситуацию, например, в США или Японии?
В 1979 г. по проектам, разработанным под руководством Алексеева, в лабораторном корпусе ЦКБ заложили две малые (до 1000 кг) самоходные модели – СМ-10 и СМ-11. Они проектировались и строились одновременно по схожей аэрогидродинамической схеме «составное крыло», но отличались стартовыми системами.
В том же году на Каспии десантный экраноплан проекта 904 («Орленок») наконец прошел заводские и ходовые испытания, отлично выходил и сходил с берега с использованием гидролыжи. Было признано целесообразным представить его на Госиспытания для передачи ВМФ в опытную эксплуатацию.
В торжественной обстановке 3 ноября 1979 г. на десантном экраноплане проекта 904 (МДЭ-150) подняли флаг ВМФ и включили корабль в состав Краснознаменной Каспийской флотилии. А 5 октября на испытания был представлен второй десантный экраноплан (МДЭ-155), который 27 октября 1981 г. вошел в состав ВМФ. Уже принятые на вооружение экранопланы посетил Главком ВМФ С.Г. Горшков и выходил на одном из них в море, а позже их «обкатывали» и многие различные чины из штаба ВМФ. Причем оба корабля принимали участие в учениях Закавказского военного округа. На восточный берег Каспия десант в составе двух батальонов пехоты был доставлен за 50 мин. В это время в Горьком на заводе «Волга» состоялась закладка третьего десантного экраноплана проекта 904 – МДЭ-160, который был принят в состав ВМФ 30 декабря 1983 г. Всего были построены три таких морских корабля-экраноплана (со строительными номерами С-21, С-25, С-26) в качестве установочной партии и сданы в опытную эксплуатацию.