Даже «потеря» одного из закрылков не смутила Алексеева, и он продолжил выходы – пробеги до отрыва. Во время третьего пробега он увидел в зеркало заднего вида, что хвост (корма) существенно ниже крыла и совершает значительные вертикальные и горизонтальные колебания, а потому решил прекратить дальнейшие испытания и возвращаться в Каспийск.
21 октября часа в три ночи буксир потянул КМ в море, в обратный путь. В 4 ч утра при прохождении северного маяка на о. Чечень, у Зеленого буя, лопнул буксирный трос. Корабль начал дрейфовать. Утром попытались завести буксирный конец с тральщика, обеспечивавшего переход, но помешала сильная качка (высота волн достигала 5 м), даже линемет не помог. Попробовали запустить двигатели, чтобы обеспечить собственный ход. Но когда начали движение, вода захлестнула двигатели и они заглохли, причем, на четвертом двигателе деформировались лопатки компрессора.
Дрейф продолжался. Лишь к полудню, когда КМ снесло к острову, ветер стих. Удалось зайти в бухту, где корабль простоял до 24 октября, дожидаясь, пока не стихнет волнение. Только на следующий день экраноплан удалось доставить на буксире без каких-либо происшествий. На этом первый этап испытаний 1966 г. в режиме глиссирования был завершен.
После возвращения в Каспийск начались работы по устранению недостатков. Была усилена конструкция корпуса. На нижнюю часть корпуса (днище), выполненную из сплава АМг-61, были наварены толстые листы из того же сплава. Верхнюю часть корпуса (надстройки), выполненную из материала Д16, также «прикрыли» поясом из АМг-61, крепившимся к исходной конструкции надстройки на призонных болтах. Этот силовой пояс простирался почти по всей длине корпуса. Таким образом, была значительно увеличена прочность и жесткость корпуса и планера в целом для возможности реализации заявленной мореходности. Изменениям подверглись различные системы с целью повышения их надежности.
Необходимо отметить, что на КМ стояли двигатели ВД-7, не приспособленные для работы в морских условиях. Они располагались вблизи водной поверхности, что вызывало попадание воды внутрь мотогондол и, как следствие, их засоление, неустойчивую работу, преждевременную порчу и выход из строя. В дальнейшем было решено изначально производить конвертацию турбореактивных и турбовинтовых двигателей для применения в специфичных морских условиях.
В 1966 г. произошло еще одно долгожданное событие – приказом министра ЦКБ по СПК было выделено из состава завода «Красное Сормово» в самостоятельную организацию с непосредственным подчинением Министерству судостроительной промышленности. Ростислава Евгеньевича Алексеева вновь назначили начальником ЦКБ и главным конструктором.
Зимой 1966-1967 гг. и весной 1967 г. продолжались тренировки экипажа КМ на самоходной модели СМ-2П7 (СМ-4 списали летом 1966 г.). В июне 1967 г. экипаж КМ вновь занял место в рубке корабля в Каспийске. К этому времени выявленные конструктивные недостатки были в основном устранены. Алексеев сообщил в Москву о готовности экраноплана к ходовым испытаниям.
Летом 1967 г. в Каспийске состоялось заседание Межведомственной комиссии. После рассмотрения представленных документов и заслушивания главного конструктора был дан «зеленый свет» на проведение испытаний по намеченной программе. После этого КМ вновь отбуксировали на о. Чечень. Выполняя утвержденный Алексеевым план, на экраноплане последовательно (1,8, 10 и 13 августа) совершали выходы в режиме глиссирования до скорости отрыва с соблюдением мер безопасности.
В соответствии с ТТЗ КМ проектировался на полное водоизмещение 430 т. Алексеев хотел убедиться, сколько же в действительности сможет «нести» корабль. Поэтому в процессе испытаний он поставил задачу определить максимальную взлетную массу аппарата. Для реализации выхода с максимальной взлетной массой на палубу КМ уложили 1000 мешков с песком в среднем по 20 кг каждый, т.е. еще 20 т. В процессе подготовки этого выхода осуществили полную заправку топливом всех отсеков, а в один из носовых отсеков поместили водяной балласт. Итого 544 т, что и было отмечено в задании на выход (полетный лист). При утверждении полетного листа Р.Е. Алексеев указал на необходимость «залить» еще 6 т воды в шайбы. Таким образом, максимальная взлетная масса КМ составила 550 т.
14 августа 1967 г. КМ после выхода на режим глиссирования достиг скорости отрыва и перешел в режим экранного полета, длившегося около 50 мин на высоте примерно 4 м. Были выполнены четыре галса на экране. Выход состоялся при нормальных условиях: небольшой ветер, погода ясная, высота волн – до 1 м. Крейсерская скорость по приборам достигала 500 км/ч.