Начавшаяся 22 июня 1941 г. Великая Отечественная война внесла свои коррективы в развитие ракетной техники в СССР. В этот день воронежский завод им. Коминтерна приступил к срочному производству установок БМ-13. Еще в феврале 1941 г. он получил от ГАУ заказ на изготовление в течение 1941 г. 40 пусковых установок БМ-13. Заводу им. Коминтерна предстояло доработать совместно с представителями НИИ-3 отдельные элементы для условий опытно-серийного производства. В ночь на 30 июня 1941 г. были собраны первые две установки с буквой «К» на шасси, которые своим ходом были направлены в Москву для проведения испытаний на подмосковном полигоне в Софрино стрельбой на точность. Переход из Воронежа в Москву являлся их ходовыми испытаниями. После испытаний на полигоне установки направили на московский завод «Компрессор» для устранения отмеченных недостатков и для доукомплектования.
30 июня 1941 г. перед заводом «Компрессор» и СКБ при заводе (главный конструктор В.П.Бармин) была поставлена задача — переключить завод на серийное производство нового вида вооружения. Нарком общего машиностроения П.И. Паршин обязал главного конструктора СКБ в первую очередь на основе созданных в лабораториях и опытном производстве НИИ-3 нескольких опытных пусковых установок залпового огня уточнить конструкторские и технологические параметры с целью доводки их до уровня, позволяющего наладить серийное производство боевых машин на заводах страны.
Созданные в мастерских НИИ-3 пусковые установки, выполненные на кустарном уровне с применением имеющихся подручных средств, не могли в таком исполнении быть приняты заводами для серийного изготовления. С учетом рекомендаций технологов СКБ требовалась конструктивная переработка многих узлов установки, обеспечивающая возможность применения при серийном производстве сварных или литых элементов конструкций, отработанных серийно выпускаемых комплектующих элементов и т. п. Времени на адаптацию к новому профилю работ, учитывая военное время, не было.
Все вопросы освоения и организации серийного выпуска БМ-13 в наркомате решали оперативно. Детали, узлы, приборы доставляли на завод «Компрессор» на автомашинах и даже на трамваях в любое время дня и ночи, несмотря на воздушные тревога и бомбежки Москвы. Ракетные установки прямо из цехов направлялись туда, где гремели бои. В результате круглосуточной напряженной работы уже 23 июля 1941 г. завод по чертежам СКБ изготовил и направил на полигонные испытания первую боевую установку под индексом БМ-13-16. После выпуска первых серийных образцов и успешного завершения их испытаний эта боевая машина в августе 1941 г, была принята на вооружение Красной Армии, а отработанные в СКБ чертежи утверждены для серийного производства. В августе-сентябре 1941 г. на фронт были отправлены 324 пусковые установки. А к началу декабря 1941 г. в войсковых частях, участвовавших в обороне Москвы, имелось на вооружении уже 415 таких установок. Весьма существенный вклад в создание и совершенствование пусковых установок внесли сотрудники СКБ Ю.Э. Эндека, А.Н. Васильев, В.М. Васильев, В.А. Рудницкий, В.А. Тимофеев, А.И. Глюске и другие.
В дальнейшем СКБ продолжало работу по созданию новых, более совершенных пусковых установок залпового огня. Многообразие автомобильных шасси, на которые монтировали пусковые установки, а также пожелания с фронтов навели главного конструктора В.П. Бармина на мысль создать нормализованную боевую машину. В апреле 1943 г. такая машина БМ-13Н была разработана, изготовлена, прошла испытания и затем принята на вооружение Красной Армии вместо БМ-13 образца 1941 г. Одним из самых важных изменений явилась замена использовавшейся на первых образцах направляющей типа «спарка» на более совершенную направляющую типа «балка». Вся установка монтировалась на едином подрамнике, что позволяло размещать ее на любом шасси. Она оставалась основной боевой машиной до конца Великой Отечественной войны.