25 чая 1964 г. с подводной лодки «Дэниэл Вэбстер», находившейся в погруженном положении примерно в 30 км от мыса Кеннеди были успешно запущены две экспериментальные ракеты «Поларис А-3». Ракеты пролетели 1600 км. Это были первые экспериментальные БРПЛ, которые по своей конфигурации соответствовали боевому варианту.
В конце июля 1964 г. новую ракету приняли на вооружение.
Дальше началась программа испытательных пусков с подводных лодок, вступавших в состав ВМС США. 20 августа 1964 г. с атомной подводной лодки «Текумсе», находившейся в районе мыса Кеннеди, была запущена ракета «Поларис А-3» на дальность 3200 км Этим завершилась программа испытании подводной лодки.
21 сентября 1964 г. с погруженной подводной лодки «Юлиссис Грант», находившейся в Атлантическом океане примерно в 50 км от мыса Кеннеди, успешно стартовала ракета «Поларис А-3». По состоянию на это число с подводных лодок произвели 14 запусков БРПЛ «Поларис А-3» 113 успешных).
31 октября 1964 г. с погруженной подводной лодки «Казимир Пуласки» находившейся в Атлантическом океане примерно в 50 км от мыса Кеннеди, состоялся запуск ракеты «Поларис А-3». К этому моменту с подводных лодок было осуществлено 17 запусков этих БРПЛ, в том числе 16 успешных.
11 сентября 1964 г. в Бангоре (шт. Вашингтон) вошел в строй завод сборки «Поларисов А-3». которыми оснащались подводные лодки, патрулировавшие в Тихом океане. Ракеты для ПЛАРБ, действовавших в Атлантическом океане и Средиземном море, собирались на заводе в г. Чарльстоне (шт. Южная Каролина).
Сообщалось, что до конца 1964 г. прямые расходы на программу «Поларис» (расходы, связанные с созданием 41 атомной подводной лодки, предназначенной для вооружения ракетами «Поларис», с запусками некоторого количества ракет «Поларис А-3», находившихся в стадии летных испытаний) составили 10600 млн. долл.
Пуски новых ракет с подводных лодок в рамках программы приемочных испытаний продолжались. Та к, 23 января 1965 г. с подводной лодки «Сэм Рейберн» успешно запустили ракету «Поларис А-3». 16 марта того же года с подводной лодки «Натаниэл Грин» с интервалом 49 мни стартовали две ракеты. При запуске первой ракеты лодка находилась в погруженном положении, при запуске второй ракеты — в надводном положении. БРПЛ пролетели 3400 кч и упали в заданном районе. 26 марта с этой же подводной лодки, а 20 декабря с подводной лодки «Бенджамин Франклин», находившихся в погруженном состоянии примерно в 50 км от мыса Кеннеди, были запущены ракеты «Поларис А-3», которые также достигли заданных районов.
В декабре 1965 г, после более чем восьмимесячного перерыва ВМС США возобновили запуск ракет «Поларис А-3» с атомных подводных лодок, находившихся в подводном положении. Целью являлась проверка подводных лодок и ракет на соответствие техническим требованиям, а также квалификации стартовых команд..
6 декабря 1965 г. БРПЛ «Поларис А-3» стартовала с подводной лодки «Бенджамин Франклин». На борту этой лодки находилось восемь ракет (без боеголовок), установленные в г. Чарльстоне (шт. Южная Каролина), где располагается сборочный завод фирмы «Локхид Миссайлз энд Спейс». Лодка с ракетами на борту прибыла в порт Канаверал (на мысе Кеннеди), откуда четверо суток подряд выходила в район стрельб, находящийся примерно в 50 км от мыса Кеннеди.
Запуск 6 декабря был приурочен к пролету над районом мыса Кеннеди пилотируемого космического корабля «Джеминай VII». В Т-300 мин (Т — момент запуска ракеты) на лодке началась одновременная предстартовая подготовка четырех ракет. В Т-15 мин предстартовая подготовка приостановилась. В состоянии 15-минутной готовности ракеты находились в течение часа, при этом имитировалось состояние готовности ракет, установленных на боевое дежурство. Затем предстартовая подготовке) возобновилась и вторично приостановлена в Т-3 мин. В состоянии трехминутной готовности ракета была в течение -12 мин (в ожидании появления над районом запуска космического корабля «Джеминай VII»). При появлении этого корабля одна из ракет была запущена. Среди наблюдателей на корабле присутствовали астронавты Фрэнк Борман и Джеймс Ловелл причем последнему этот запуск удалось сфотографировать. Астронавты видели разделение ступеней ракеты и сообщили об этом даже раньше, чем специалисты, находившиеся на борту лодки «Бенджамин Франклин». Для слежения за ракетой использовался и испытательный корабль «Обзервейшн Айленд».
Таким образом, в ходе летно-конструкторских испытаний ракеты «Поларис А-3» был произведен всего 41 запуск, в том числе 23 с подводных лодок.