— разработка и представление эскизных проектов ракеты Р-13, двигательной установки, системы управления и наземного оборудования — сентябрь- декабрь 1956 г.;
— летно-конструкторские испытания с неподвижного и качающегося стендов на Государственном центральном полигоне — декабрь 1957 г. — февраль 1958 г.;
— летно-конструкторские испытания с подводной лодки проекта 629-август 1958 г.
Разработка комплекса Д-2 и ракеты Р-13 способствовала формированию в ракетостроительной промышленности новой «морской» кооперации ракетчиков, отличной от сложившейся при создании первых наземных баллистических ракет (Р-1, Р-2 и Р-5). Проектирование ракеты вело вновь созданное СКБ-385 (главный конструктор В. П. Макеев), бортовую автономную аппаратуру системы управления для Р-13 разрабатывало СКБ-626 (позднее НИИ-592, НПО автоматики) во главе с Н.А. Семихатовым, а также НИИ командных приборов (главный конструктор В,П. Арефьев). ЖРД проектировался в КБ-2 НИИ-88 (позднее КБ химического машиностроения) во главе с главным конструктором А.М. Исаевым. Разработку боевого оснащения в целом вело НИИ-1011 (научные руководители Е.И. Забавахин, К.И. Щелкин, главный конструктор зарядов Б.В. Литвинов), а по боевому заряду — КБ-11 (научный руководитель Ю.Б. Харитон, главный конструктор Е.А. Негин). ЦКБ-34 во г лаве с Е.Г.Рудяком трудилось над созданием пусковой установки, размещаемой на подводной лодке. ГСКБ (начальник — главный конструктор В.П. Петров) занималось комплексом наземного оборудования.
В Министерстве обороны также сложилась своя кооперация: НИИ вооружения ВМФ (начальник Н.А. Сулимовский, начальник управления П.Н. Марута) обеспечивал обоснование и подготовку проекта ТТЗ на ракетный комплекс, Государственный центральный морской полигон (начальник — капитан I ранга И.А. Хворостяное) — подготовку и проведение испытаний комплекса, Управление ракетно-артиллерийского вооружения ВМФ (начальник В.А. Сычев) — выработку ТТЗ и наблюдение за проектированием ракетного вооружения. Главными наблюдающими от ВМФ были Б.Ф. Васильев, затем И.И. Лягин и В.И. Литошенко.
Чтобы ускорить ввод в строй новых ракетных лодок, Н.Н. Исанин предложил проектировать субмарину под комплекс Д-1, но заложить возможности для дальнейшей модернизации под более мощные ракеты Р-13. Такой путь позволял не ждать результатов завершения испытаний ракетного вооружения, а развернуть работы немедленно. Предложение было принято.
Новое ТТЗ от 11 января 1956 г. на корабль проекта 629 и комплекс ракетного вооружен сия существенно отличалось от выданного ранее в мае 1954 г., по которому ЦКБ-16 готовило технический проект. Срок окончания проектирования по договору с УК ВМФ был определен — март 1956 г. В новом ТТЗ изменились почти все параметры: состав и характеристики ракетного и торпедного оружия, радиолокационного и гидроакустического вооружения, величина автономности, требования к обитаемости, живучести, защите, глубине погружения и т. д. ВМФ также предлагал обеспечить возможность стрельбы с подводных лодок, спроектированных под ракеты Р-13, ракетами Р-11ФМ, так как сроки создания подводных лодок проекта 629 опережали сроки создания ракет Р-13. Сохранились без изменений только требования, позволявшие оставить принятый состав энергетической установки.
В марте 1956 г., т. е. в ранее предписанный срок, скорректированный, а фактически полностью переработанный технический проект все же был представлен в УК ВМФ. Однако он имел серьезные «белые пятна», поскольку сроки окончания технических проектов автономной системы управления новой ракеты и самой ракеты правительством были установлены во II и III кв. 1957 г, соответственно. Как следствие, задерживалась разработка пусковой установки, корабельных систем предстартовой подготовки и обслуживания ракет и т. д.