Функционирование боевой машины 2С6 осуществлялось в основном автономно, но не исключалась и работа в системе управления средствами ПВО СВ. При автономной работе обеспечивались поиск цели (круговой — с применением станции обнаружения, секторный — с помощью станции сопровождения или оптического прицела), опознавание ее государственной принадлежности с помощью встроенного запросчика 1РЛ138, сопровождение цели по угловым координатам (автоматическое с помощью станции сопровождения, полуавтоматическое — с использованием оптического прицела 1А29М, так называемое инерционное — с использованием цифровой вычислительной системы в предположении прямолинейного движения цели с постоянной, ранее замеренной скоростью) и по дальности (автоматическое или ручное — с применением станции сопровождения, автоматическое — с помощью станции обнаружения, инерционное, а также по установленной скорости, которая определялась командиром визуально по типу выбранной для обстрела цели).
Сочетание различных способов сопровождения цели по угловым координатам и по дальности обеспечивало следующие режимы работы боевой машины:
I — по трем координатам цели, полученным от радиолокационной системы;
II — по дальности до цели, полученной от радиолокационной системы, и по ее угловым координатам, полученным от оптического прицела;
III — инерционное сопровождение цели по трем координатам, полученным от вычислительной системы;
IV — по угловым координатам, полученным от оптического прицела, и установленной командиром скорости цели.
При стрельбе по наземным движущимся целям применялся режим полуавтоматического или ручного наведения вооружения в упрежденную точку по дистанционной сетке прицела. После поиска, обнаружения и опознавания цели станция сопровождения переходила на ее автосопровождение по всем координатам.
При стрельбе зенитными пушками цифровая вычислительная система решала задачу встречи снаряда с целью и определяла зону поражения по данным, поступающим с выходных валов антенны станции сопровождения, из блока выделения сигналов ошибок по угловым координатам и с дальномера, а также из системы измерения углов качек и курса боевой машины. В случае постановки противником интенсивных помех станции сопровождения по каналу измерения дальности (автодальномера) происходил переход на ручное сопровождение цели по дальности, а при невозможности даже ручного сопровождения — на сопровождение цели по дальности от станции обнаружения или на ее инерционное сопровождение. При постановке интенсивных помех станции сопровождения по угловым каналам сопровождение цели по азимуту и углу места осуществлялось оптическим прицелом, а при отсутствии видимости — инерционно (от цифровой вычислительной системы 1А26М).
При стрельбе ракетами применялось сопровождение цели по угловым координатам с помощью оптического прицела. После пуска ЗУР попадала в поле зрения оптического пеленгатора аппаратуры выделения координат ракеты. По световому сигналу от трассера ракеты в аппаратуре определялось отклонение ЗУР относительно линии визирования цели (в угловых координатах), данные о котором поступали в вычислительную систему. Она вырабатывала команды управления ЗУР, поступающие в шифратор, где они кодировались в импульсные посылки и через передатчик станции сопровождения передавались на ракету. Движение ракеты практически на всей траектории происходило с отклонением от линии визирования цели на 1,5 д.у. для снижения вероятности попадания в поле зрения пеленгатора отстреливаемой целью тепловой помехи-ловушки. Ввод ракеты на линию визирования цели начинался за 2–3 с до встречи с целью и заканчивался вблизи от нее. При приближении ЗУР к цели на расстояние 1000 м на ракету передавалась радиокоманда на взведение неконтактного датчика. По истечении времени, соответствующего пролету ракетой этой дистанции, боевая машина автоматически переводилась в готовность к пуску следующей ЗУР по цели.
В сложной помеховой обстановке, при отсутствии в вычислительной системе информации о дальности до цели от радиолокационных средств комплекса использовался дополнительный режим наведения ЗУР, при котором ракета сразу выводилась на линию визирования цели, неконтактный датчик взводился через 3,2 с после старта ЗУР, а приведение боевой машины в готовность к пуску следующей ракеты осуществлялось по истечении времени полета ракеты на максимальную дальность.