Между тем итоги деятельности по зенитным ракетам в НИИ-88 укладывались в известную формулировку товарища Огурцова из «Карнавальной ночи»: «Работа проделана большая, коллектив подобрался опытный, дело так дальше не пойдет…». Сложность и комплексность задачи определяли необходимое ri, реализации программы, сравнимой с советским атомным проектом. Опыт реализации этою проекта свидетельствовал о том, что при существующей до наших дней ведомственной разобщенности общее руководство комплексной программой должна осуществлять специальная инстанция, стоящая над министерствами и непосредственно подчиненная Совету Министров, при этом для оперативного решения вопросов на предельно высоком уровне проект должен лично курироваться одним из членов Политбюро ВКП(б).
Наряду с административным, требовалось и четкое научно-техническое руководство программой. До военачальников и государственных руководителей довели понимание того, что решающим элементом ракетной системы ПВО являются радиоэлектронные средства. Соответственно в качестве головной организации – разработчика было избрано СБ-1 Министерства вооружения, организованное в 1947 г. с целью создания системы авиационного реактивного управляемого вооружения «Комета» предназначенной для применения по кораблям с носителей Ту-4.
Эти общие принципы были положены в основу готовившегося правительственного документа, призванного реорганизовать процесс создания отечественного зенитного ракетного оружия. Готовился он довольно долго и не являлся прямой реакцией на начавшуюся войну в Корее. Впрочем, события на Дальнем Востоке могли ускорить принятие соответствующего решения.
Боевой опыт первых недель Корейской войны очередной раз подтвердил решающую роль авиации – только превосходство американцев в воздухе привело к срыву блестяще начатого кимирсеновского «блицкрига». Дальнейшее массированное применение «сверхкрепостей» продемонстрировало всю гибельность стратегических бомбардировок уже не на немецких фашистах и японских милитаристах, а на наших корейских друзьях. Позднее советские МиГ-15 практически вытеснили поршневые В-29 из дневного неба Кореи. Однако ночью эффективность истребителей резко падала. На вооружение Стратегического авиационного командования американских ВВС уже поступали реактивные В-47 с летными характеристиками, почти не уступавшими МиГ-15… Но самым важным было то, что в «большой войне» эти самолеты понесли бы на территорию Советского Союза атомные бомбы.
Основополагающим при проведении дальнейших работ стало Постановление Правительства от 9 августа 1950 г. №3389-1426. Общее руководство созданием системы зенитного ракетного прикрытия Москвы «Беркут» должно было осуществляться специально созданным управлением аппарата первого заместителя Председателя Совета Министров СССР Лаврентия Павловича Берия. В феврале следующего года этот орган преобразуется в Третье главное управление при Совете Министров СССР во главе с Василием Михайловичем Рябиковым. Это управление располагало огромными полномочиями и, обладая собственной приемкой, выступало в качестве Заказчика системы. Считалось, что до поры до времени военные вообще не должны были ничего знать о разрабатывавшейся системе «Беркут». Аналогичным образом и первая советская атомная подводная лодка проекта 627 создавалась по заказу Первого (ядерного) главного управления, а не ВМФ.
Технический облик системы «Беркут» определялся СБ-1, преобразованным в КБ-1. Главными конструкторами разработки были назначены сын Лаврентия Павловича Сергей Берия и Павел Николаевич Куксенко, к тому времени уже несколько лет успешно осуществлявшие техническое руководство созданием «Кометы». По преданию, наименование первой зенитной ракетной системы не случайно начиналось с первых букв незабвенной фамилии одного из главных конструкторов («БЕРкут»), На уровне Политбюро и Совмина создание системы, наряду с атомным проектом, курировал лично Лаврентий Павлович.