Боевая эффективность «Акул» в значительной степени обеспечивается за счет постоянного совершенствования системы связи и боевого управления морскими стратегическими ядерными силами страны. К настоящему времени эта система включает каналы, использующие различные физические принципы, что повышает надежность и помехозащищенность в самых неблагоприятных условиях. В состав системы входят стационарные передатчики, транслирующие, радиоволны в различных диапазонах электромагнитного спектра, спутниковые, самолетные и корабельные ретрансляторы, мобильные береговые радиостанции, а также гидроакустические станции и ретрансляторы.
Огромный запас плавучести тяжелых подводных крейсеров 941-го проекта (31,3%) в сочетании с мощными подкреплениями легкого корпуса и рубки обеспечил этим атомоходам возможность всплытия в сплошном льду толщиной до 2,5 м (что неоднократно проверялось на практике). Патрулируя под ледяным панцирем Арктики, где существуют особые гидроакустисческие условия, снижающие даже при самой благоприятной гидрологии дальность обнаружения подводной цели посредством наиболее современных ГАС всего до нескольких километров, «Акулы» являются практически неуязвимыми для противолодочных атомных подводных лодок США. Авиационными средствами, способными осуществлять поиск и поражение подводных целей сквозь полярный лед, Соединенные Штаты также не располагают.
В частности, «Акулы» несли боевую службу подо льдами Белого моря (первой из «941-х» такой поход совершил в 1986 г. ТК-12, на котором в ходе патрулирования при помощи ледокола была осуществлена замена экипажа).
Рост угрозы со стороны прогнозируемых средств ПРО потенциального противника потребовал усиления боевой живучести отечественных ракет в процессе их полета. В соответствии с одним из прогнозируемых сценариев, противник мог попытаться «ослепить» оптические астронавигационные датчики БР при помощи космических ядерных взрывов. В ответ на это в конце 1984 года под руководством В.П. Макеева, Н.А. Семихатова (система управления ракеты), В.П. Арефьева (командные приборы) и B.C. Кузьмина (система астрокоррекции) были начаты работы по созданию стойкого астрокорректора для баллистических ракет подводных лодок, способного восстанавливать свою работоспособность через несколько секунд. Разумеется, у противника оставалась возможность осуществлять ядерные космические взрывы с интервалом через каждые несколько секунд (в этом случае точность наведения ракеты должна была значительно снизиться), однако такое решение было трудноосуществимо по техническим соображениям и бессмысленно – по финансовым.
Усовершенствованный вариант Р- 39, по своим основным характеристикам не уступающий американской ракете «Трайдент»0-5, был принят на вооружение в 1989 году. Кроме повышенной боевой живучести, модернизированная ракета обладала увеличенной зоной разведения боевых блоков, а также повышенной точностью стрельбы (использование космической навигационной системы ГЛОНАСС на активном участке полета ракеты и на участке наведения РГЧ позволило достичь точности, не меньшей, чем точность МБР РВСН шахтного базирования). В 1995 г. ТК-20 (командир капитан 1 ранга А. Богачев) выполнила ракетную стрельбу с Северного полюса.
В 1996 г. из-за нехватки средств были выведены из боевого состава ТК-12 и ТК-202, в 1997 г. – ТК-13. В то же время дополнительное финансирование ВМФ в 1999 году позволило значительно ускорить затянувшийся капитальный ремонт головного ракетоносца 941-го проекта – К-208. За десять лет, в течение которых корабль находился в Государственном центре атомного подводного судостроения, проведена замена и модернизация (в соответствии с проектом 941 У) основных комплексов вооружения. Ожидается, что в третьем квартале 2000 г. работы будут полностью завершены, и после окончания заводских и ходовых приемно-сдаточных испытаний, в начале 2001 года, обновленный атомоход вновь вступит в строй.
В ноябре 1999 г. из акватории Баренцева моря с борта одной из ТАПКР 941-го проекта были выполнены стрельбы двумя ракетами РСМ-52. Интервал между пусками составил два часа. Головные части ракет с высокой точностью поразили цели на Камчатском полигоне.
По сообщениям отечественной печати, существующие планы развития стратегических ядерных сил России предусматривают проведение модернизации кораблей пр. 941 с заменой ракетного комплекса Д-19 на новый. Если это соответствует действительности, «Акулы» имеют все шансы сохраниться в строю и в 2010-х годах.
В дальнейшем возможно переоборудование части атомоходов 941- го проекта в транспортные атомные подводные лодки (ТАПЛ), предназначенные для перевозок грузов по трансполярным и кроссполярным подледным маршрутам, кратчайшим путем связывающим Европу, Северную Америку и страны АТР. Встроенный вместо ракетного отсека грузовой отсек будет способен принимать до 10.000 т груза.