Первая партизанская морская база в Подгоре на побережье южнее Макарской была создана 28 декабря 1942 г., и 23 января 1943 г. там был сформирован первый морской отряд в составе 150 человек. Он располагал моторным судном «Партизан» (PC 1) и ПМС «Пионер». «Партизан» был потоплен в феврале 1943 г. итальянской авиацией, не успев принять участие в боевых действиях. «Пионер» же, а затем и другие парус но-моторные суда совершили несколько нападений на итальянские суда.
В плане борьбы с морскими партизанами итальянцы предприняли ряд операций по «нормализации» или «чистке» с привлечением сил трех дивизий. Существенных результатов они не достигли.
8 сентября 1943г. капитулировала Италия, и партизаны приступили к разоружению итальянских войск и занятию оккупированной ими территории. Ответ немецкого командования был скор и решителен. В 4 часа утра 9 сентября пять немецких моторизованных колонн из внутренних районов двинулись к побережью на Задар, Шибеник, Сплит, Дубровник. К вечеру они вышли к намеченным целям кроме Сплита. Но с ходу десантироваться на острова им не удалось. Началась длительная борьба, продолжавшаяся до января 1944 г.
По приказу верховного главнокомандования НОАЮ его единицы и корабли сосредоточились на острове Вис. В ходе борьбы за острова, сформированные к тому времени ВМС НОАЮ играли большую роль. В это время было образовано несколько военно-морских отделов. Отряд книнского сектора, вскоре переименованный в морской отряд Северо-Далматинского побережья и островов, 26 октября начал свою деятельность как штаб морских сил НОАЮ, разместившись на о.Хвар. Здесь уместно сказать несколько слов о боевых судах НОАЮ. Основу их составляли два типа судов: так называемые вооруженные суда (NB -naoruzani brod) и патрульные катера (PC – patrolni camac). Первые были парусно-моторные деревянные рыболовные суда и несколько малых пассажирских пароходов, захваченных в ходе боевых действий у итальянцев. Их водоизмещение лежало в пределах от 20 до 80 т (лишь NB 11 «Красная звезда» имело 150 т), а вооружение составляло 3-7 автоматических пушек калибра 20-40 мм, пулеметы, а на NB11 еще два миномета. Патрульные катера – моторные суденышки от 3 до 30 т водоизмещения, вооруженные пулеметами и иногда автоматическими пушками.
Из наиболее крупных операций отметим следующие.
Героическая оборона Сплита продолжалась до 27 сентября. В этот день оставшихся в живых защитников партизанские суда перевезли на о-ва Шолта и Брач.
7 октября немецкие части выступили из города Риека и вскоре овладели побережьем вплоть до Цриквсницы. После небольшого затишья, подвергнув бомбардировке о. Лошинь, 13 ноября немецкие отряды численностью 200 человек с двумя танками и 10 бронеавтомобилями при поддержке старого крейсера «Ниобе», одного миноносца и нескольких катеров высадились на остров. После упорной борьбы основные силы партизан ушли на о. Црес на двух рыбачьих судах. На переходе оба судна были повреждены авиацией и захвачены крейсером. В тот же день немцы захватили о-ва Крк и Црес, чтобы ими не могли воспользоваться союзники.
В руках НОАЮ еще оставалась некоторая часть далматинского побережья. 10 декабря партизаны на нескольких моторных судах в сопровождении вооруженного судна «Партизан» III высадили десант на о. Паг, но вскоре его оставили. 20 декабря артиллерийским огнем партизаны отбили попытку высадить десант на о. Раб. А когда позже немцам все же это удалось, бойцы НОАЮ без потерь эвакуировались на о. Дугиоток.
Большое значение в обороне островов играл о.Корчула. На нем находились крупные силы НОАЮ: две бригады, корчулская флотилия вооруженных судов и пр. Немцы любой ценой решили захватить остров. Для этой цели был выделен 750-й полк 118-ой егерской дивизии, усиленный артдивизионом и ротой танков. Десант с моря должны были поддержать три торпедных катера и шесть быстроходных десантных барж. Высадка немцев на остров началась утром 22 декабря. Тяжелые бои длились два дня, и к вечеру 24-го бойцы НОАЮ с большими потерями вынуждены были оставить остров. Потеряна была вся артиллерия. Неудача на о. Корчула поставила под сомнение возможность обороны остальных островов. Поэтому было решено перевести на о.Вис части НОАЮ, действовавшие в 4-м и 5-м приморских секторах (Южная Далмация). Однако на всех крупных оставленных частями НОАЮ островах были сохранены партизанские отряды.