Пегги Гуггенхайм, покровительница искусств и известный коллекционер современной живописи, пишет в мемуарах, что была «без памяти влюблена» в Беккета несколькими годами позже. Она пишет, что он был очаровательный молодой человек, временами подверженный апатии, заставляющей его до полудня не покидать постель; с ним было трудно общаться, потому что «он никогда не был особенно жизнерадостным, и у него уходило много времени на выпивки, чтобы ожить»13. Как и Белаква иногда хотел «вернуться навсегда в темноту утробы матери»14. И как пишет Пегги Гуггенхайм, «он — сохранил ужасное воспоминание о пребывании в материнской утробе. Он постоянно мучился этим, переживал тяжёлые кризисы, чувствуя, что задыхается от этих воспоминаний. Он часто говорил, что мы могли бы хорошо прожить один день, но если бы даже я настояла на этом фатальном решении, он взял бы свои слова обратно»15.
В «Мерфи», опубликованном в 1938 году при помощи и поддержке Херберта Рида, аналогичная ситуация складывалась между героем и его девушкой Селией, тщетно пытавшейся устроить его на работу, чтобы они могли пожениться, но он ускользал снова и снова.
Первая пьеса Беккета «Елевтерия» (свобода — греч.), написанная во Франции вскоре после окончания войны, долго не публиковалась и не ставилась. Пьеса в трёх актах повествовала о стремлении молодого человека не иметь семейных и общественных обязательств. Сцена разделена на две половины. Справа пассивный герой лежит в постели. Слева семья и друзья обсуждают его ситуацию, не обращаясь к нему. Постепенно действие перемещается слева направо, и в итоге герой находит в себе силы сбросить все оковы и освободиться от общества.
«Моллой» и «Элевтерия» — зеркало поисков Беккета свободы и права жить своей жизнью. Он обрёл себя в Париже. В 1937 году купил квартиру на последнем этаже доходного дома в районе Монпарнас, ставшую его пристанищем во время войны и в послевоенные годы.
Примерно тогда с ним произошёл случай, который мог бы встретиться в его романах или пьесах: на улице его пырнул ножом
В сентябре 1939 года разразилась война. Беккет находился в Ирландии, навещая овдовевшую мать. Он немедленно возвратился в Париж и резко осудил фашистский режим Германии, ужасаясь зверствам и антисемитизму. Как и Джойс, он считал войну бессмысленной и бесполезной. Беккет твёрдо стоял на антифашистской позиции. Он был гражданином нейтральной Ирландии, но остался в оккупированном немцами Париже, принял участие в движении Сопротивления, вёл опасную, полную риска жизнь подпольщика.
Однажды в августе 1942 года, вернувшись домой, он нашёл записку, в которой сообщалось, что несколько членов группы арестовано. Он покинул дом и обосновался в неоккупированной зоне, нанявшись работником в крестьянскую семью в Воклюзе, неподалёку от Авиньона. Воклюз упоминается во французской версии «В ожидании Годо», когда Владимир спорит, уверяя, что Эстрагон знает деревню Воклюз. Они были в ней. Эстрагон же с пылом отрицает: он вообще нигде не был, кроме места, где он находится сейчас, в Мёрдклюзе (Дерьмоклюзе). В английской версии Воклюз переименован в Макон кантри, а Мёрдеклюз — в Кака кантри.
Беккет не переставал писать, работая на ферме в Воклюзе. Он начал роман «Уотт». Герой — одинокий, эксцентричный человек, в качестве слуги нашедший пристанище в деревенском доме, который принадлежит странному и невидимому владельцу мистеру Нотту, обладающему чертами таинственного Годо.
После освобождения Парижа в 1945 году Беккет возвращается туда на короткое время перед поездкой в Ирландию, где он вступает добровольцем в Красный Крест. Во Францию он вернулся осенью 1945 года; некоторое время работал переводчиком и кладовщиком в госпитале Сен-Лo. Зимой он окончательно возвращается в Париж в свою прежнюю квартиру, оставшуюся целой и невредимой.
Возвращение домой ознаменовалось началом самого продуктивного периода в жизни Беккета. Мощный творческий порыв настолько овладел им, что за пять лет он написал следовавшие одно за другим важнейшие произведения: «Элевтерию», «В ожидании Годо», «Конец игры»; романы «Моллой», «Мэлон умирает», «Безымянный» и «Мерсье и Камье», а также рассказы и фрагменты прозы «Никчемные тексты». Все эти произведения написаны во Франции; некоторые из них создали Беккету репутацию писателя, оказывающего влияние на эпоху.