На новом месте Татищев начинает с восстановления коллегиальной формы правления, которой пренебрегали в Петербурге и совершенно не пользовались в канцелярии Кириллова. В его «генеральный совет» вошли Тевкелев, уфимский воевода Шемякин, астраханский вице-губернатор, генерал-майор Леонтий Яковлевич Соймонов и штаб-офицеры. Решения совета принимались таким же порядком, как и в Канцелярии горного начальства. Это приводило к тому, что Татищев далеко не всегда мог настоять на своем мнении. Но он обычно вновь и вновь возвращался к тем решениям, которые считал правильными.
В администрации Кириллова Татищева встретили различно. Петр Рычков (1712-1777), служивший бухгалтером у Кириллова, с глубоким почтением относился к обоим своим начальникам, которые, кстати, многое сделали для становления его как известного в будущем географа и историка. Были и такие, кто сразу же воспринял Татищева враждебно, и не только из-за его повышенных требований к ведению делопроизводства.
После смерти Кириллова восстание разгорелось с новой силой. В совете же не было единодушия по вопросу о путях его усмирения. Крутые меры приветствовались не только администрацией Кириллова и начальством в Петербурге, но и значительной частью местного населения: страдавших от башкирских набегов русских крестьян, татар, мишарей и других инородцев. Даже часть башкир, не поддерживавших движение, находили их оправданными. Татищев искал иные пути, более надежные и менее болезненные. В условиях, когда тысячами уничтожались раскольники, сотнями гибли от башкирских нападений русские крестьяне и инородцы небашкиры, такой «либерализм» нужно было как-то оправдывать и перед правительством, и перед коллегами-советниками. В доношении к императрице 22 января 1738 года Татищев оправдывает «умеренность» собственным опытом: когда он в 1736 году отпустил захваченных в плен старшин, бунтовщики успокоились, когда же дал согласие на казнь двоих, «послушав других... немедленно новой бунт начался».
Весной 1738 года положение снова осложнилось. 9 мая Татищев признает: «О успокоении башкирцев паче всякого чаяния весь мой должный труд уничтожился, и они начали новые нападения чинить». Тем не менее он снова настаивает на проведении той же политики. Суть её наиболее полно выражена в беседе с башкирскими старшинами 9 января 1738 года и в ряде донесений в Петербург того же года. Татищев отказывался вести со старшинами разговор об особых правах башкир в составе Российского государства. Он подчеркивал, что они и так равноправные подданные императрицы, такие же, как сам Татищев или казахский хан Абул-Хаир, под, власть которого собирались перейти башкирские старшины. Положение их лучше, нежели положение крепостного сословия. Переход под власть казахских ханов может только ухудшить положение башкир. «Под властью Русского государства, — заверял Татищев, — и последней междо вами в лучшем благополучии, покое и довольстве, нежели ханы киргизские (то есть казахские) пребывали... Вы имели покойные домы, довольство скота, пчел, жит и протчего, а оные ничего того, почитай, кроме скота, не имеют, и с нуждою в зимние времена, переходя с места на место, питаются, а вашему довольству завидуют и ревнуют».
Татищев уговаривал башкир повиниться в надежде на помилование всех, включая вождей восстания. И если «подлинно которой ведал, что он милости не достоин и смертной казни избавится не уповает, то ему честнее для сохранения своих бедных и невинных детей и сродников на смерть поступить». Так воин отдает жизнь за свою родину. В данном же случае возможно и помилование даже и виновных в убийствах многих людей. Сам Татищев настаивал на казни лишь двух выданных башкирами и неповинившихся вождей восстания: Кусяпы и Бепени, терроризировавших и собственно башкирское население. Допускал он вынесение и еще трех смертных приговоров по отношению к особо опасным «возмутителям», но оставлял решение на усмотрение правительства. С остальных, по мнению Татищева, достаточно взять клятву на Коране и отпустить. Чтобы не давать повода для раздражения башкир и злоупотреблений русских чиновников, сбор ясака и пошлин он предлагал передать башкирским старостам. Выборные старшины должны нести и ответственность за возможные преступления и уклонения от государственных повинностей. Инородцы, сохранившие верность правительству, должны получить равные права с башкирами.