Александр Трусов, служивший тогда в погранвойсках КГБ, предполагает, что микроволновое оружие было применено для ликвидации крупного чина КГБ своими же соратниками. В ту ночь действительно погиб начальник управления КГБ по Одесской области генерал-майор Крикунов со своей семьей, который уже после отхода «Нахимова» от причала был доставлен на борт парохода катером. Однако обстоятельства его смерти так и остались неизвестными. Да и появление Крикунова на борту было достаточно неожиданным. Решение об этом он принял в Москве, в Главном управлении КГБ СССР, в день отплытия «Нахимова» из Одессы. С чем только не связывали факт его смерти. Писали и о мести коррумпированной партийной номенклатуры, и о попытке передачи крупной партии контрабанды, и о расследовании фактов вывоза военной техники через Новороссийский порт.
Профессор из Санкт-Петербурга Алексей Синяков участие в трагедии каких-либо спецслужб вывел за скобки. Он выдвинул гипотезу так называемого локального геофизического резонанса (ЛГР). Специалист по безопасности полетов, он полагает, что ЛГР стал причиной многих катастроф – в воздухе, на земле, под водой (в частности, пожара на атомной подводной лодке «Комсомолец»). Вечером 31 августа 1986 года на Черном море мог проявляться геофизический резонанс: наблюдалось необычное свечение атмосферы, а через два часа после гибели «Нахимова» произошло сильное землетрясение в западной части моря. Во время геофизического резонанса человек, управляющий сложным техническим объектом, теряет возможность точно оценить ситуацию и принять правильное решение. Не этим ли объясняется неадекватное поведение капитана Ткаченко? Ведь для совершения маневра «последнего момента» (например, отворота «Васева» вправо от принятого курса) требовалось всего полторы минуты?
Есть немало и других версий, которые хотя бы частично снимают вину с капитанов и объясняют их странное поведение в момент катастрофы.