В это время в доме Потоцких произошел неслыханный скандал. Сын Мечеслав похитил у матери все драгоценности и через лакея передал, чтобы Софья убиралась из Тульчина, обзывал её оскорбительными словами. Оскорбленная и униженная Софья с остальными детьми переехала в Умань в свой дворец на Дворцовой площади. Скандал получил самую широкую огласку. Александр I велел арестовать похитителя, и Мечеслав был посажен в Петропавловскую крепость, где, впрочем, ни в чем не знал нужды и по просьбе матери обеспечивался всем необходимым.
С 1810 года Софья Потоцкая вступает в последний период своей жизни и, как сказал один из её многочисленных биографов, «нравственно хорошеет». Она всё более озабочена искуплением грехов, благотворительной деятельностью, воспитанием детей. Бурная жизнь, полная увлечений и приключений, отходит в прошлое. «Баядерка от рождения», она становится под старость добродетельной матроной, старается забыть прежнюю жизнь и сохраняет преданную память только к Потемкину, которого до конца «жалела, как родного брата». Многочисленные крепостные считали её одновременно колдуньей и благодетельницей.
Весной 1811 года сильный пожар выжег Тульчин и Немиров. В ликвидации последствий этого бедствия Софья Потоцкая проявила завидную энергию. Она сама руководила новой застройкой, оплачивала поставки строительных материалов, выдавала продукты, помогала крестьянам деньгами, заслужив всеобщее признание, после чего местные крестьяне звали её только «матушкой».
В 1820 году в клане Потоцких происходит очередной скандал. Сын Мечеслав, посчитав, что пришло время взять в свои руки управление отошедшей к нему недвижимостью, поднял бунт против матери и изгнал её с дочерью Ольгой из тульчинского имения.
В ответ на это возмущенная Софья распространила манифест, в котором сообщила, что истинным отцом негодного сына является главарь бандитов, изнасиловавший её во время итальянского путешествия, и по этой причине Мечеслав не может быть наследником.
Сын в долгу не остался и в своем контрманифесте объявил мать известной всей Европе блудницей, указав, что ему, как сыну, отец отделил долю в имуществе. В ответ на это Софья пожаловалась императору Александру, он хотел было сослать скандалиста в Тобольск, но противостоящие стороны к этому времени сами погасили конфликт.
После этих событий Софья некоторое время прожила в Немирове, у сына Болеслава, затем перебралась в Умань, откуда — уже больная — вместе с дочерью Ольгой отправилась в Петербург на очередные имущественные споры с пасынками и за спасительным банковским кредитом.
Спустя ещё несколько лет Софья Витт-Потоцкая вместе с шестнадцатилетней Ольгой переехала в Петербург. К этому времени Софья была уже тяжело больна. По некоторым свидетельствам, у неё был рак матки. Ольга каждый день навещала мать в петербургской больнице. Софья составила завещание, в котором, прежде всего, учла интересы сына Александра, служившего штабс-ротмистром конного полка, и дочерей Софьи и Ольги. Исполнителем своей последней воли она назначила петербургского губернатора Милорадовича.
Узнав о тяжелой болезни матери, в столицу приехали старшие сыновья Софьи — Иван де Витт и Александр Потоцкий. Затем, по рекомендации немецких врачей, Софья едет в Берлин. Чувствуя, что силы окончательно покидают её, а жизнь с каждым днём уходит, она просит своих детей приехать к ней. Эта встреча была последней радостью в её жизни. Перед смертью Софья написала завещание, в котором разделила поровну своё состояние между всеми детьми, исключая Мечеслава, оставив 60 миллионов рублей деньгами и огромное имение. 12 ноября 1822 года блистательной Софьи Глявоне (Клаврон) — Челиче-Витт-Потоцкой не стало, она завещала похоронить себя в любимой Умани. Вместе со смертью некогда блистательной красавицы ушла в небытие целая эпоха.
Чтобы миновать неизбежную в то время волокиту на уровне первых лиц государств, дети умершей поступили достаточно смело. Тело Софьи было забальзамировано, после чего её нарядили в красивое платье, посадили в карету, вложив в одну руку букет, в другую веер и, таким образом, перевезли «спящую» пани через границу.
В Умани её искренне оплакивали все, ибо последние годы своей жизни Софья много занималась благотворительностью. Когда ночью гроб с телом женщины везли к месту её последнего упокоения, на расстоянии 10 верст при большом стечении народа по дороге были расставлены бочки со смолой, куда окунали факелы и зажигали, освещая дорогу. За гробом шли пятьдесят священников.
Тело Софьи Потоцкой положили в подземелье церкви, выстроенной около парка «Софиевка», где оно покоилось до 1838 года, после чего её дочь Ольга Нарышкина, унаследовавшая после матери местечко Тальное, перенесла её прах в крипту местной Троицкой церкви. В 1846 году храм перестроили из камня. После 1917 года он был переоборудован под хозяйственные цели, но гробниц в подземелье никто не трогал. До сегодняшнего дня там покоятся останки той, которую во второй половине XVIII столетия пять королевских дворов Европы признали самой красивой женщиной эпохи Просвещения.