Прогнозы Пельке оказались совершенно правильными — 23 марта 1933 года обер-президент провинции Восточная Пруссия запретил деятельность «Союза гуотов». Организации инкриминировалось «аморальное поведение» и «антигосударственные установки». После этого вся собственность, принадлежавшая организации, была конфискована. Под конфискацию попало и имение Пельке — ему пришлось переселиться на съемную квартиру. Здесь он был арестован в первый раз. Его приговорили к семи с половиной месяцам пребывания в концентрационном лагере. Вначале он оказался в лагере Бранденбург, а затем был переведен в лагерь Ораниенбург. Пельке не выдвигали никаких обвинений. Хотя это было обычной для того времени практикой — люди оказывались в лагерях в качестве подозреваемых, то есть арест был «легитимной» мерой пресечения. В 1935 году Пельке и двое его сторонников вернулись обратно в Восточную Пруссию. Там они основали организацию, которая называлась «Владельцы тевтонских гербов». По большому счету это было небольшим коммерческим предприятием. Курт Пельке получал 550 рейхсмарок за предоставление одного из таких гербов. Но это отнюдь не было торговлей «родовыми символами». Герб мог получить только тот член «Союза гуотов», который достиг достаточно высокой степени посвящения, то есть был принят в «Орден немецких господ».
В 1935 году Пельке ожидало очередное потрясение. В сентябре он узнал от бургомистра Георгенсвале (место в Восточной Пруссии, где постоянно проживал Пельке), что согласно распоряжению начальника окружного управления в Кёнигсберге у него было конфисковано все движимое и недвижимое имущество. Оно передавалось в пользу Пруссии. Несмотря на это Пельке решил не прекращать свою деятельность. В частности, он продолжил организовывать встречи «религиозных общин гуотских кристиан». Эта деятельность не могла быть совсем незаметной. По сведениям, которые были собраны полицией Кёнигсберга, в 1937 году в общинах Восточной Пруссии состояло около тысячи бывших членов «Союза гуотов» и «Ордена немецких господ». Тогда же был составлен список людей, которые, несмотря на запрет, продолжали пропаганду «гуотского наследия». В нем значилось 89 человек. Интересным является социальное положение этих людей. 29 из них имели высшее образование (в том числе 19 преподавателей и 6 врачей), 11 крестьян, 6 торговцев, 5 землевладельцев. Еще имелось несколько женщин, у которых не была указана профессиональная принадлежность — не исключено, что они могли быть домохозяйками. На своих собраниях они нередко критиковали Национал-социалистическую партию и государство. Сведения об этом являлись достаточным поводом, чтобы 25 мая 1937 года Курт Пельке был арестован в очередной раз.
В июле 1937 года Пельке был осужден специальным трибуналом Кёнигсберга как «враг народа». Его приговорили к трем с половиной годам заключения, которые он должен был провести в центральной тюрьме Штум (Западная Пруссия). Однако из тюрьмы он был переведен в лагерь Заксенхаузен. Здесь следы Пельке теряются. Известно лишь, что в 1944 году он был переведен в лагерь Равенсбрюк, а затем в Берген-Бельзен. После 1945 года Пельке считается пропавшим без вести. Судя по всему, в конце войны он погиб в одном из концентрационных лагерей.