Но дело на этом не кончилось. Именно в этот момент на арену выходит Жюль Буа, который, вероятно посчитав, что из рук уходит сенсационный материал и на этом можно погреть руки, опубликовал статью, где поддержал Гюисманса и по новой обвинил де Гюайта в смерти аббата. Тот оскорбился и вызвал сочинителя на дуэль, исход которой мы уже описали. Не был забыт и друг маркиза, доктор Папюс, которому писатель дал такую «лестную» характеристику:
«Хороший работник, превосходный организатор, он взрывал свою борозду плугом энциклопедизма — к несчастью, слишком поспешного… Он оставил после себя объемистые книги, наполненные всяким хламом, в них отовсюду набраны цитаты и рисунки, а тексты безбожно перепутаны… Это была густая похлебка для людей, изголодавшихся по чудесному: их вкус не придирчив — только бы насытиться… Автор обладает всеми качествами хорошего, методичного компилятора, но ждать от него какой-то художественности было бы несправедливо…»
Естественно, Папюс, решив, что подобные инсинуации нельзя оставлять безнаказанными, тоже бросил вызов, и Жюль Буа, в сердцах проклиная обоих магов, отправился драться вторично.
Но с магами, как известно, шутки плохи. По дороге к месту дуэли на его лошадь вдруг напал необъяснимый ужас, и она понесла, перепугав Буа до смерти. Но этого мало: едва кучер обуздал животное и тронулся с места, как карета опрокинулась, а затем, проехав некоторое расстояние, опрокинулась снова… К условленному месту молодой человек прибыл с большим опозданием. К счастью, судьба благоволила к Буа и на этот раз: обменявшись несколькими ударами, он получил легкое ранение в плечо, и Папюс, отбросив саблю, тут же оказал противнику помощь — уже как доктор. После чего соперники пожали друг другу руки и расстались добрыми друзьями, сохранив приятельские отношения на протяжении всей жизни. Но с этого времени Буа дал себе обет, что никогда больше не будет иметь дела с магами — ни с белыми, ни, тем более, с черными!
В 1888 году Папюс вместе со своим другом Люсьеном Шамуэлем основал издательство «Библиотека чудесного» («Librarie du Merveilleux») и с 1889-го стал издавать ежемесячный журнал «Посвящение» («L'Initiation»), выходивший до 1914 года.
В 1891-м он формирует в Париже Верховный совет ордена мартинистов и становится его Великим магистром. В 1893 году Папюса одним из первых посвящают в епископы Французской гностической церкви (Eglise Gnostique de France), которая была основана в 1899 году в легендарном Лангедоке Жюлем Дуанелем с целью восстановления религии катаров. Через два года, в 1895-м. Дуанель складывает с себя полномочия примаса гностической церкви Франции и оставляет управление синоду, состоящему из трех епископов, одним из которых является Папюс. А 23 марта того же 1895 года Папюс вступает в храм Ахатор, созданный при парижском отделении гностического ордена «Золотой рассвет».
К слову сказать, Папюс никогда не принадлежал к регулярному масонству ложи «Великого Востока».
Напротив, он критиковал ложу за то, что она (в отличие от «тайного христианства» гностической церкви, Кабалистического ордена розенкрейцеров и ордена мартинистов) отменила для своих членов обязательную веру в высшую сущность — Бога — и стала атеистической. Поэтому, стремясь соединить свой орден с оккультным масонством, 12 июля 1899 года Папюс был посвящен лишь в масонскую ложу Мемфиса и Мицраима, не признаваемую «ортодоксальными» масонами.
В 1907 году совместно с Луи-Софроном Фугероном, еще одним епископом гностической церкви, и Жаном Брико, членом ордена мартинистов, он основал католическую гностическую церковь (Eglise Catholique Gnostique), которая включила в себя некоторые обряды Римско-католической церкви. Год спустя она была переименована во Вселенскую гностическую церковь.
24 июня 1908 года Папюс организовал в Париже конгресс масонов и спиритуалистов, получивший название «Международной масонской конференции».