Но с магами, как известно, шутки плохи. По дороге к месту дуэли на его лошадь вдруг напал необъяснимый ужас, и она понесла, перепугав Буа до смерти. Но этого мало: едва кучер обуздал животное и тронулся с места, как карета опрокинулась, а затем, проехав некоторое расстояние, опрокинулась снова… К условленному месту молодой человек прибыл с большим опозданием. К счастью, судьба благоволила к Буа и на этот раз: обменявшись несколькими ударами, он получил легкое ранение в плечо, и Папюс, отбросив саблю, тут же оказал противнику помощь — уже как доктор. После чего соперники пожали друг другу руки и расстались добрыми друзьями, сохранив приятельские отношения на протяжении всей жизни. Но с этого времени Буа дал себе обет, что никогда больше не будет иметь дела с магами — ни с белыми, ни, тем более, с черными!
В 1888 году Папюс вместе со своим другом Люсьеном Шамуэлем основал издательство «Библиотека чудесного» («Librarie du Merveilleux») и с 1889-го стал издавать ежемесячный журнал «Посвящение» («L'Initiation»), выходивший до 1914 года.
В 1891-м он формирует в Париже Верховный совет ордена мартинистов и становится его Великим магистром. В 1893 году Папюса одним из первых посвящают в епископы Французской гностической церкви (Eglise Gnostique de France), которая была основана в 1899 году в легендарном Лангедоке Жюлем Дуанелем с целью восстановления религии катаров. Через два года, в 1895-м. Дуанель складывает с себя полномочия примаса гностической церкви Франции и оставляет управление синоду, состоящему из трех епископов, одним из которых является Папюс. А 23 марта того же 1895 года Папюс вступает в храм Ахатор, созданный при парижском отделении гностического ордена «Золотой рассвет».
К слову сказать, Папюс никогда не принадлежал к регулярному масонству ложи «Великого Востока».
Напротив, он критиковал ложу за то, что она (в отличие от «тайного христианства» гностической церкви, Кабалистического ордена розенкрейцеров и ордена мартинистов) отменила для своих членов обязательную веру в высшую сущность — Бога — и стала атеистической. Поэтому, стремясь соединить свой орден с оккультным масонством, 12 июля 1899 года Папюс был посвящен лишь в масонскую ложу Мемфиса и Мицраима, не признаваемую «ортодоксальными» масонами.
В 1907 году совместно с Луи-Софроном Фугероном, еще одним епископом гностической церкви, и Жаном Брико, членом ордена мартинистов, он основал католическую гностическую церковь (Eglise Catholique Gnostique), которая включила в себя некоторые обряды Римско-католической церкви. Год спустя она была переименована во Вселенскую гностическую церковь.
24 июня 1908 года Папюс организовал в Париже конгресс масонов и спиритуалистов, получивший название «Международной масонской конференции».
На ней «доктор магии» получил от главы О.Т.О. Теодора Ройсса патент на учреждение в Париже «Высшего Великого Генерального совета объединенных обрядов древнего и общедоступного масонства для Великого Востока Франции и зависимых от него стран». Очевидно, тогда же Ройсс даровал Папюсу высший административный градус, или степень, О.Т.О. — X°. В свою очередь Папюс посвятил Ройсса в епископы католической гностической церкви, что впоследствии позволило последнему включить эту церковь в систему О.Т.О. В 1913 году, после смерти известного розенкрейцера Джона Йаркера, Папюс был избран его преемником в должности Великого иерофанта (международного главы; в Древнем Египте это звание присваивалось представителям высшего жреческого сословия) древних и общедоступных обрядов Мемфиса и Мицраима, что позволило ему стать Великим магистром О.Т.О. и ложи Мемфиса и Мицраима во Франции.
Что касается врачебной практики, то здесь у Папюса дела шли далеко не столь блестяще и порой случались досадные осечки. История с Матильдой, на которую предписанные доктором магические амулеты не возымели никакого действия, оказалась далеко не последней. Обычно Папюс старался не думать о своих врачебных неудачах, однако история, произошедшая в 1898 году с его ближайшим другом и сподвижником Станисласом де Гюайта, произвела на него удручающее впечатление. Именно этот случай и заронил в душу доктора первые семена сомнений в собственных силах.