Принцесса стала женой московского великого князя Ивана III при прямом посредничестве римского папы Сикста IV, который надеялся таким путем укрепить в Москве свое влияние, быть может, даже склонить греко-российскую церковь к соединению с латинской.
По мнению же Стеллецкого, он преследовал и другую цель: после отъезда Зои в Москву завладеть доставшимися ей от умершего отца книжными сокровищами византийских императоров. Бесприданница, развивал свою мысль Стеллецкий, однако, спутала планы римского папы и увезла эти драгоценные книги с собой в Москву. Вероятно, она сначала жалела о том, что привезла их в деревянный город, плохо защищенный от пожаров.
Библиотеке угрожала опасность, и Софья Палеолог — так утверждал Стеллецкий — именно поэтому стала главной вдохновительницей перестройки деревянного кремля, превращения его в каменную крепость по образцу средневековых замков.
По ее совету Иван III, отправляя в Рим первого русского посла Семена Толбузина, дал ему задание привезти в Россию способных осуществить этот план итальянских архитекторов. Приглашение было принято знаменитым итальянским зодчим Родольфо Фиораванти дель Альберти (носившим также имя Аристотеля), отправившимся в далекую Московию вместе со своим учеником Пьетро Антонио Солари. За ними последовали и другие.
Известно, что Аристотель Фиораванти построил в Кремле Успенский собор с тайником под ним для хранения дорогих церковных сосудов и других ценностей. Стеллецкий смотрел на это иначе. «Постройка Успенского собора, — утверждал он, — была лишь завесой, с помощью которой он хотел скрыть от нескромных взоров творимые им чудеса в подземном Кремле». Именно им и его учеником Солари были сооружены под Кремлем, по утверждению Стеллецкого, многочисленные подземные палаты и ходы. На преемника Солари — Алевиза Стеллецкий указывал, как на строителя двух подземных палат для привезенной Софьей Палеолог библиотеки.
Ватикан долго не мог примириться с тем, что книжные сокровища Палеологов от него ускользнули, и через своих пронырливых разведчиков делал попытки их разыскать и вернуть.
Такое задание получили, например, как свидетельствуют найденные в архиве Ватикана документы, приезжавшие в 1601 году в Москву польский посол Лев Сапега и специально с этой целью включенный в состав делегации иезуит Петр Аркудий.
16 марта 1601 года он писал из Можайска кардиналу Сан-Джорджо «о греческой библиотеке, — относительно которой некоторые ученые люди подозревают, что она находится в Москве, — при всем нашем великом старании, а также с помощью авторитета господина канцлера не было никакой возможности узнать, что она находилась когда-нибудь здесь».
Одним из таких разведчиков был, по мнению Стеллецкого, и просвещенный грек Паисий Лигарид, подосланный Ватиканом в Москву, где он упорно добивался допуска в царское книгохранилище.
В своих далеко не всегда обоснованных выводах Стеллецкий шел дальше всех историков и археографов, исследовавших вопрос о происхождении библиотеки Ивана Грозного.
Теория археолога-энтузиаста выглядела очень стройной, но при проверке в ней обнаружились существенные недостатки. Доказательства часто притягивались искусственно и подменялись домыслами.
Однако это, видимо, не очень смущало ученого, так как он был глубоко убежден, что многолетний спор будет разрешен заступом. Археолог ждал только подходящего повода проникнуть в Кремль и возобновить раскопки.
В 1909 году Стеллецкого пригласили принять участие в осмотре пришедших в ветхость документов, скопившихся в Московском губернском архиве старых дел. Архив этот размещался в Китайгородских и кремлевских древних башнях. Таким образом археологу представилась возможность попутно познакомиться с устройством кремлевских башен, сделать, так сказать, первую разведку.
С волнением поднимался сын сельского псаломщика по витой заржавленной лестнице в наугольную Арсенальную башню, возведенную в XVI веке. Суровая и строгая снаружи, она внутри производила впечатление обжитой, так как была доверху загромождена полками с архивными делами. Стеллажи сплошь покрывали стены, но Стеллецкий знал, что внутри одной из этих стен есть лестница, ведущая в обнаруженный князем Щербатовым подземный тайник с колодцем и загадочным тоннелем, наглухо загороженным белокаменным устоем арсенала. Хоть бы одним глазом заглянуть в этот тайник!
Но лишь спустя три года Стеллецкому как члену Военно-исторического общества удалось получить разрешение на осмотр кремлевских стен и башен. Обследовать подземелья, о чем он просил особо, ему, однако, не позволили. Оговорка сводила на нет выданное Стеллецкому разрешение, но он все же решил им воспользоваться.
В 1912 году в Кремле, в связи с приближающейся юбилейной датой — сотой годовщиной Отечественной войны 1812 года, — производились работы по оборудованию части арсенала под музей трофеев этой войны.