Проникновение в тайны древности было часто связано с большими трудностями и даже риском для жизни. Итальянский археолог Пьеротти, вскрывший под Иерусалимом подземный коридор, чуть не задохся — такой хлынул на него спертый и сырой воздух; другой иностранный археолог, Уоррен, наверное утонул бы, если б не успел быстро заделать пробитое им отверстие, сквозь которое в подземелье внезапно хлынула вода. Но знакомого уже с подземными сюрпризами у себя на родине украинца такие опасности не пугали.
После затянувшейся на целые года поездки в Палестину бывший воспитанник духовной академии уже не колебался в выборе профессии — он будет не священником, а археологом! Для этого ему пришлось, однако, снова сесть на студенческую скамью и закончить еще одно высшее учебное заведение: только что открывшийся в Москве Археологический институт. В свободные от лекций часы он усердно знакомился с достопримечательностями древней столицы, и прежде всего, конечно, с ее подземным миром.
Захламленные, дышавшие сыростью и часто кишевшие крысами подвалы старинных московских домов и монастырей интересовали его больше, чем самые живописные наземные архитектурные памятники. Нет ли под ними какого-нибудь замурованного тайника или подземного хода? Как врач, прежде всего прослушивающий сердце больного, пещеровед начинал обычно свои обследования с простукивания стен и пола подземелья. «Почти под каждым московским старым домом, построенным не меньше, чем полтораста, двести лет назад, — утверждал Стеллецкий, — есть какие-нибудь таинственные сооружения, подземные палаты и ходы, проложенные на случай непредвиденных событий. Известно, например, что слишком глубоко запустивший руку в казну царский свояк, знаменитый боярин Борис Иванович Морозов в 1648 году только потому спасся от народной расправы, что успел по тайному ходу ускользнуть в Кремль».
Тщательно выискивая в древних летописях и рукописях сведения о всякого рода подземельях и тайных ходах, Стеллецкий особенно заинтересовался содержавшимся в одной из них сообщением о том, что итальянский архитектор Пьетро Антонио Солари построил в Москве «две отводные стрельницы или тайники и многие палаты и пути к оным с перемычками по подземелью».
Ознакомившись с исследованием Белокурова, отрицавшим существование библиотеки Ивана Грозного, Стеллецкий, конечно, оказался в числе его противников.
Разрешить вопрос окончательно! — вот какую задачу поставил перед собой начинающий археолог. Стеллецкий высказал мнение, что правильнее было бы назвать знаменитую «либерею» Ивана Грозного библиотекой византийских императоров или греческой принцессы Зои, известной в России под именем Софьи Палеолог.
Принцесса стала женой московского великого князя Ивана III при прямом посредничестве римского папы Сикста IV, который надеялся таким путем укрепить в Москве свое влияние, быть может, даже склонить греко-российскую церковь к соединению с латинской.
По мнению же Стеллецкого, он преследовал и другую цель: после отъезда Зои в Москву завладеть доставшимися ей от умершего отца книжными сокровищами византийских императоров. Бесприданница, развивал свою мысль Стеллецкий, однако, спутала планы римского папы и увезла эти драгоценные книги с собой в Москву. Вероятно, она сначала жалела о том, что привезла их в деревянный город, плохо защищенный от пожаров.
Библиотеке угрожала опасность, и Софья Палеолог — так утверждал Стеллецкий — именно поэтому стала главной вдохновительницей перестройки деревянного кремля, превращения его в каменную крепость по образцу средневековых замков.
По ее совету Иван III, отправляя в Рим первого русского посла Семена Толбузина, дал ему задание привезти в Россию способных осуществить этот план итальянских архитекторов. Приглашение было принято знаменитым итальянским зодчим Родольфо Фиораванти дель Альберти (носившим также имя Аристотеля), отправившимся в далекую Московию вместе со своим учеником Пьетро Антонио Солари. За ними последовали и другие.
Известно, что Аристотель Фиораванти построил в Кремле Успенский собор с тайником под ним для хранения дорогих церковных сосудов и других ценностей. Стеллецкий смотрел на это иначе. «Постройка Успенского собора, — утверждал он, — была лишь завесой, с помощью которой он хотел скрыть от нескромных взоров творимые им чудеса в подземном Кремле». Именно им и его учеником Солари были сооружены под Кремлем, по утверждению Стеллецкого, многочисленные подземные палаты и ходы. На преемника Солари — Алевиза Стеллецкий указывал, как на строителя двух подземных палат для привезенной Софьей Палеолог библиотеки.
Ватикан долго не мог примириться с тем, что книжные сокровища Палеологов от него ускользнули, и через своих пронырливых разведчиков делал попытки их разыскать и вернуть.
Такое задание получили, например, как свидетельствуют найденные в архиве Ватикана документы, приезжавшие в 1601 году в Москву польский посол Лев Сапега и специально с этой целью включенный в состав делегации иезуит Петр Аркудий.