В теологическом плане он также допускал самостоятельность мышления, что никогда не приветствовалось отцами официозной церкви. Исторической тени Евангелия Ориген противопоставляет его вечный смысл, и «вечное Евангелие». «Вечное, — замечает Ориген, — по сравнению с этим нашим Евангелием, которое временно проповедано в преходящем мире и веке». Это вечное Евангелие он старается прочитать между строк Евангелия исторического; и не исторический Христос интересует его больше всего в Евангелии. В христологии Оригена причудливо переплетаются противоречивые мотивы. Ориген резко и прямо исповедует Христа Богочеловеком, — и это имя впервые встречается, кажется, именно у Оригена. Однако, если поставить вопрос, когда Слово стало Человеком, ответ Оригена двоится. Он различает в очеловечении Слова два момента. Ведь все человеческие души вечны и потому предсуществуют плотскому рождению и вхождению в эмпирический мир. От вечности существует и душа Иисуса, и до падения мира она соединяется со Словом, и соединяется как железо с огнем.
Богочеловечество осуществляется за порогом истории, до времени. И Воплощение оказывается только явлением уже предсуществующего человека в эмпирическом мире. Собственно, это не есть Воплощение Слова, но воплощение обожженной души Иисуса, нераздельно соединенной со Словом. По логике Оригеновской системы, Воплощение не может быть окончательным. Ибо телесность вообще есть преходящее следствие грехопадения и истончается по мере очищения, чтобы рассеяться вовсе по исполнении времен. Воплощение Христа, по Оригену имеет преходящий и педагогический смысл. Это Откровение Слова в темноте эмпирии. Именно поэтому человечество Христа должно быть прозрачным.
«Его человечество, — говорит Ориген, — это первая и низшая ступень, с которой мы должны сойти, чтобы пройти по другим и достигнуть того, что Сын Божий есть сам в себе». По мере духовного возрастания нужно отвлекаться от человечества Христова, — оно есть только педагогическое средство для созерцания премирного Божества. В этом смысле Ориген резко противопоставляет простецов, которые отбивают поклоны в Иерусалиме и знают только Иисуса распятого, созерцают Слово только во плоти, и — «равноангельских» гностиков, причастных Слову, как было Оно в начале у Отца. Иначе сказать, путь духовного восхождения проходит как бы мимо Голгофы.
Положительного искупительного смысла ни в Крестной смерти, ни в Воскресении Ориген никогда не умел раскрыть. Христос для Оригена прежде всего Пророк и Учитель. Идея воспитания и обучения проходит через всю Оригенову систему; и в этом одна из эллинских ее черт. Каждая душа проходит свой искупительный путь через сменяющиеся миры и века и искупает при этом свой личный грех, чтобы вернуться на свое опустевшее место в вечном мире. Это путь неизбежного, хотя и не насильственного возвращения. Ориген убежден, что воля не может закоснеть в упорном противлении, что она должна переломиться. На этом пути каждая душа если в чем нуждается, то только в путеводителе и примере. Такой пример показывает Христос и постольку является путеводителем и проводником душ.
Строго говоря, по Оригену, не приходится душу Иисуса считать человеческой душой, она выше этого только эмпирического уровня. Вместе с тем, и всякая душа призвана к такому же соединению со Словом и к уподоблению с Ним. Ведь и душа Иисуса соединяется со Словом свободно, по своему изволению, по пламенной любви к Нему, и как бы в награду за свою чистоту. Подобным образом каждая душа по призванию есть вечная невеста Слова; Слово может и должно родиться и в других душах. Этим умаляется единственность и несоизмеримость Христова лика. Открывается какой-то потаенный путь к Богу, в обход Христа. При всем своем универсалистическом размахе Ориген в мистике остается крайним индивидуалистом.
В целом система Оригена есть дерзновенный опыт построения христианской философии из понятия о вечном мире. Для Оригена оправдание мира в том, что он имеет вечные недвижные устои. Поэтому он никогда не мог понять, что мир создан и существует ради Воплощения Слова, не мог понять и последнего смысла исторического Воплощения. Апостольская проповедь и правило веры остаются для него безумием, именно потому, что он не может принять эмпирического мира. Не может принять не за то, что он грешен и во зле лежит, но за то, что он эмпиричен. Он не смешивал своих домыслов и толкований с правилом веры, не выдавал их за догматическое учение. Он постоянно оговаривал проблематичность своих суждений и предоставлял своим слушателям испытывать и судить.