Гибель Ниппониды, так же как и Охотии, происходила, не только и не столько из-за повышения уровня Мирового океана, сколько из-за тектонических процессов в этом неспокойном регионе. На дне Японского моря найдены верные признаки того, что отдельные части Ниппониды оказались под водой в результате быстрого провала земной коры, то есть в результате катастроф. Катастрофы подобногорода происходят и в наши дни. Страшное землетрясение 1923 года в заливе Сагами не только причинило колоссальный ущерб Токио и Иокогаме, но и значительно изменило рельеф местности. Опускались участки морского дна даже на глубине свыше 1300 метров. Возле берега ушел на глубину свыше 100 метров участок размером около 13 морских миль в длину и 2–3 морских мили в ширину. Вызвало значительные разрушения на полосе побережья Японии длиной около 200 километров и землетрясение.1964 года в Ниигате. Небольшой островок Авасима поднялся на 80–160 сантиметров. Северо-западная сторона его, наоборот, опустилась. В проливе, отделяющем остров от суши, появился новый подводный каньон. Около 15 тысяч домов города Ниигата было затоплено. Японский исследователь Имамура приводит множество примеров того, как землетрясения и извержения вулканов меняли очертания побережья Японских островов в течение прошлого столетия.
В эпоху последнего оледенения Амур протекал по затонувшей ныне территории Охотии, а еще раньше могучая река продолжала свой бег и по землям Ниппониды, начавшей тонуть прежде, чем Охотия. Японский зоогеограф Нишимура в статье «Происхождение Японского моря с точки зрения его фауны» дал серию карт, показывающих изменения конфигурации Японского моря в ледниковую эпоху. Острова Японского архипелага то соединялись между собой, то разъединялись, остров Хоккайдо связывался «мостом» суши с Сахалином, южные острова Японии соединялись с Корейским полуостровом. На дне Желтого моря найдены широкие поля песков, почти не подвергшиеся воздействию волн прибоя. Значит, обширные пространства суши, соединявшей Корею и Японию, затоплялись очень быстро и «мост» исчез за короткий промежуток времени. А на севере сухопутные связи между Сахалином, материком и японским островом Хоккайдо то возникали, то исчезали в течение различных фаз последнего оледенения. И в течение этого времени на Японский архипелаг могли пройти древние жители Восточной Азии и Приморья.
Скорее всего, заселение Японских островов шло И со стороны Сахалина, и со стороны Корейского полуострова, то есть и через Охотию, и через Ниппониду. И, как полагает большинство исследователей, древнейшими жителями Японии были айны, удивительный, ныне почти полностью исчезнувший народ, сочетающий черты трех «больших рас» человечества — европеоидной, монголоидной, негроидной. Своеобразие айнов столь велико, что их выделяют и в особую «малую расу» — курильскую.
«Нет народа, о котором, как об айнах, было бы выражено в короткое время столь разнообразных, даже противоречащих друг другу мнений относительно происхождения или племенного родства с другими народами», — писал академик Л. Шренк, один из первых исследователей этого загадочного народа. Основные черты материальной культуры айнов (одежда, явно не приспособленная к северному климату, средства передвижения, оружие и т. п.), мотивы айнского изобразительного искусства находят аналогию в быте и культуре народов Индонезии и Океании. «Южный адрес» айнов подтверждают и антропологические исследования японцев: ближе всех остальных японцев к айнам оказались не японцы северного Хоккайдо (где и поныне остались последние чистокровные айны), а японцы самого южного архипелага Страны восходящего солнца островов Рюкю, протянувшихся цепочкой от острова Кюсю до Тайваня. Расселение предков айнов с юга на север было связано с существованием еще одной затонувшей земли — Сунды.
Американский исследователь Э. Морзе во время поездки из Иокагамы в Токио открыл в 1877 году в местности Оомори древнее поселение, окруженное кучами раковин, которые, согласно легендам, оставляли жившие здесь когда-то люди-великаны. Проведя совместно с японцами раскопки, Морзе обнаружил наконечники из камня для копий и стрел, ножи и скребки, также каменные, а главное, великолепные сосуды из глины, украшенные веревочными оттисками по-японски «дземон». Так, более века назад, началось открытие замечательной культуры каменного века, получившей название «дземон». Наиболее известны ее скульптуры из глины — догу и гончарные изделия. В самое последнее время найдены образцы керамики дземон, возраст которых превышает 12 тысяч лет это самая древняя глиняная посуда в мире!