Было достаточно легко прийти к выводу, что большое наводнение, случившееся в южной Месопотамии, породило разные, но взаимосвязанные версии историй о Потопе, существовавшие в странах Ближнего Востока и восточного Средиземноморья. Некоторые детали изменялись - например, имя героя, пережившего Потоп. В Месопотамии его называли Утнапиштимом. Древние евреи называли его Ноем, а древние греки вспоминали Потоп Девкалиона.
«Уровень наводнения», открытый в Уре Леонардом Вулли, до сих пор часто цитируется в научно-популярных трудах, как если бы загадка была полностью разрешена. Однако дела обстоят не так просто. Осадочные отложения, открытые Вулли, не имеют важного значения, так как наводнение не вызвало настоящего перерыва в развитии культуры города Ур. Оно охватило лишь небольшую территорию, поскольку илистый слой не был обнаружен при раскопках других древних поселений, даже в Убейде, всего лишь в двадцати милях от Ура.
В других местах тоже сохранились свидетельства древних «потопов». К примеру, еще один британский археолог, сэр Макс Маллоуэн (муж Агаты Кристи), обнаружил несколько более поздний осадочный слой при раскопках другого шумерского города, Киша. Пытаясь связать его с легендой о Всемирном Потопе, он столкнулся с такими же проблемами, как и Вулли: наводнение было строго локализованным и не таким уж катастрофическим. Фактически, следы наводнений часто встречаются при раскопках поселений в Месопотамии. Тигр и Евфрат, реки-близнецы, вокруг которых выросла месопотамская цивилизация, были не только благословением, но и постоянной угрозой для обитателей Междуречья. В сохранившихся исторических документах встречается много упоминаний о сильных наводнениях. Однако во многом так же, как современные люди, живущие в «поясе торнадо» (штаты Техас, Оклахома, Канзас и Небраска), жители древней Месопотамии, по-видимому, привыкли к регулярным катаклизмам и относились к ним спокойно. Трудно поверить, что наводнение местного масштаба могло привести к созданию мифа о Всемирном Потопе.
Разуверившись в «месопотамской теории», исследователь Библии Джон Брайт в 1942 году выдвинул предположение, что легенда о Потопе возникла гораздо раньше и, возможно, является отголоском реальной катастрофы огромных масштабов, «имевшей место еще в каменном веке».
Совсем недавно двумя американскими геологами была предложена новая увлекательная теория, где проблема рассматривается с неожиданной стороны. Начиная с конца последней ледниковой эпохи уровень Мирового океана неуклонно повышается; обычно этот процесс происходит постепенно, но иногда случаются резкие рывки. Билл Райан и Уолт Питман, специалисты по морской геологии из лаборатории Ламонт-Догерти в Нью-Йорке, предположили, что катастрофический эпизод, произошедший примерно за 7000 лет до н. э., совершенно преобразил вид Черного моря. По их мнению, в ледниковую эпоху уровень Мирового океана был таким низким, что Черное море, окруженное Балканами, южной Россией и Турцией, напоминало гигантское пресноводное озеро, не связанное с соленым Средиземным морем. Эти два моря были разделены перешейком из осадочных пород в том месте, где сейчас находится Босфорский пролив. Райан и Питман полагают, что, по мере того как поднимался уровень Средиземного моря, давление воды на тонкий перешеек достигло критической величины, и соленые воды Средиземного моря прорвались внутрь около 7000 лет до н. э. После этого внезапного катаклизма все побережье Черного моря оказалось заболоченным, а его обитателям пришлось искать себе другое место для жилья. Если некоторые из них откочевали на юг, в Месопотамию, то у них могли сохраниться воспоминания об этой катастрофе в виде легенды о Великом Потопе.
Новая теория Райана и Питмана имеет много положительных сторон. И в библейской, и в вавилонской традиции местом убежища для выживших после Великого Потопа служат горы на дальнем севере Месопотамии (Арарат) - скалистое нагорье, расположенное немного к югу от побережья Черного моря. Но несмотря на увлекательность, их теория не решает проблему в целом; то есть она не объясняет, почему во всем мире существует так много легенд о Великом Потопе (только в Африке они встречаются крайне редко).