Мнение о том, что когда-то Европа была «неарийской», основано также на том, что и в современной Европе живут народы, не принадлежащие к индоевропейской семье. Это, прежде всего, пароды финно-угорской группы уральской семьи, а также баски на Пиренейском полуострове, язык которых относится к изолированным языкам Земли. В той древности, которая охватывается историческими свидетельствами, таких народов, похоже, было больше.
Однако и тут есть сомнения. Историкам, которые будут говорить о неиндоевропейских народах Европы как о более древнем субстрате, всегда возразят другие и станут доказывать, что именно баски и финны пришли в Европу позже индоевропейцев. При этом сошлются на венгров, которые точно переселились в Центральную Европу не раньше IX века н. э. Одни историки и лингвисты считают остатками доиндоевропсйского населения Европы исторических лигуров, сардов, этрусков, пеласгов, иберов и т. д. Но другие с не меньшей убедительностью смогут обосновать их индоевропейское происхождение. Одни выделяют т. н. гидронимы древней Европы — названия рек, данные до прихода индоевропейцев и воспринятые последними. Но и им находятся оппоненты, полагающие, что эти названия восходят не к виртуальному доарийскому населению Европы, а к первым индоевропейцам, издревле заселявшим Европу. Есть лингвисты, обнаруживающие субстратную, доиндоевропейскую лексику в древних индоевропейских языках Европы (латыни, германских, кельтских и др.), и есть лингвисты, наличие такой лексики отрицающие.
Генетика, как обычно, не может пролить достаточно света на ход и направления миграций древнейшего населения Европы. Картина европейских гаплогрупп представляет собой весьма пёструю мозаику. Характерно, что в ряде мест Европы современное население генетически восходит к их доисторическим обитателям! Так, в 1996 году было проведено генетическое исследование останков человека, найденного в начале XX века в пещере близ деревни Чеддар в Англии. Возраст этих останков — чуть более 7000 лет. В то время на территории Британии жили ещё первобытные охотники. Выяснилось, что чеддарский человек имел Мт-ДНК гаплогруппы U5, обнаруживаемой у 11 % европейцев. Но самым интересным оказалось то, что у троих современных жителей деревни Чеддар была выявлена та же мутация гаплогруппы (U5а), что и у их древнего земляка! Впрочем, этот пример из Англии не может быть типичным для всей Европы. После того, как Англия стала островом, она превратилась в окраину ойкумены, до которой докатывались лишь слабые волны миграций.
О том, что крупные миграции в доисторической Европе имели место, косвенно говорит хотя бы то, что демографический взрыв в Восточном Средиземноморье, связанный с переходом к производящей экономике (одни учёные считают демовзрыв следствием, другие — причиной неолитической революции), не мог остаться без последствий на территории Европы. О миграциях именно в этот период свидетельствует изменение антропологического облика обитателей доисторической Европы: кроманьоидный расовый тип был потеснён средиземноморским. Неолитическая революция в Европе, происходившая в течение нескольких тысяч лет, совершалась, главным образом, путём расселения древних земледельцев, а не вследствие заимствования их умений и навыков туземным населением.
Первым носителем производящей экономики на значительной части Центральной и Восточной Европы стала возникшая в среднем течении Дуная в V тысячелетии до н. э. культура линейно-ленточной керамики (КЛЛК), хорошо ныне изученная во всех отношениях, кроме одного — неизвестен язык её создателей. Эта культура подсечного земледелия распространялась со средней скоростью 5,5 км в год. То было медленное расселение земледельцев, а не экспансия. Оно осуществлялось, разумеется, не на пустых землях. Однако характерно, что археологи не находят следов военных столкновений между земледельцами и первобытными охотниками. Почти нет оружия в погребениях и культурных слоях поселений КЛЛК. Это обычно объясняют тем, что земледельцы выбирали для расчистки полей богатые аллювиальные и лёссовые почвы, тогда как племена охотников населяли преимущественно районы песчаных почв. Преимущества земледелия не были очевидными для первобытных охотников, те не стремились заимствовать новые навыки хозяйства, если их к этому не вынуждало изменение окружающей среды в результате вмешательства земледелия в природу. Да и то почти всегда оставалась возможность податься дальше от цивилизации, в глушь и дебри.