Был создан ряд совершенно изолированных отделов — селекции растений, микологии, энтомологии, бактериологии, химии и практического сельского хозяйства. У всех появились свои интересы, каждый начал стремиться к процветанию своего отдела, забыв о его предназначении. При такой жесткой организационной структуре ученым не позволялось вести всесторонние исследования плодородия почвы в одиночку и иметь полную свободу действий. Все предложения Ховарда подразумевали «вторжение» в чужие владения — что вызывало отторжение как у чиновников, контролировавших потоки финансирования, так и у коллег-специалистов, которые никогда не отличались особой доброжелательностью.
Тогда Ховард собрал необходимые средства, чтобы начать работу в новом месте. Этим местом стал Институт растениеводства в Индоре, в 450 км на северо-восток от Бомбея, где Ховард получил полную свободу действий. Основной культурой в окрестностях Индора был хлопок, выращивание которого требовало поддержания высокого плодородия почв. Поэтому исследования Ховарда снова стали востребованными. Он разработал технологию производства гумуса, впоследствии названную «методом Индора». Через некоторое время урожайность его хлопка уже в три раза превышала урожайность у соседних фермеров, к тому же его хлопок был практически неуязвим для болезней. «Эти результаты, — писал Ховард позже, — еще раз подтверждают справедливость выработанного мной принципа: на здоровой почве растут здоровые растения; как только состояние земли ухудшается, тут же появляются болезни». Ховард был твердо убежден, что в его деле главное поддерживать правильную структуру почвы и никогда не истощать землю чрезмерными запросами.
На основе своих наблюдений и находок Ховард написал книгу
К тому же остро встал вопрос времени. Кто может позволить себе терять несколько лет и восстанавливать плодородие земли? Ведь для этого вместо химических удобрений нужно пользоваться долгосрочным «методом Индора» для получения компоста, смеси перепревших животных и растительных остатков в пропорции 3:1. Ховард прекрасно понимал всю угрозу для общепринятой системы: «Широкомасштабное производство компоста может стать революционным методом и представлять серьезную угрозу системе, и даже существованию исследовательских организаций, пытающихся решить сложные и многогранные биологические проблемы вроде выращивания хлопка своим разрозненным и фрагментарным методом».
Специалисты по другим видам сельскохозяйственных культур по всей империи были так же непреклонны, как и «хлопковые» ученые, тем более что их щедро финансировали воротилы нарождающейся индустрии пестицидов и искусственных удобрений.