Мирович и солдаты, обманом вовлеченные в авантюру, предстали перед судом. Остальных прямых сообщников у него не оказалось. Правда, по показаниям Мировича, один такой заговорщик существовал — поручик Ушаков. Но накануне осуществления заговора он неожиданно утонул, и Мирович остался один. Это казалось по меньшей мере странным. И еще современники строили всякого рода предположения и догадки. В числе сомневающихся был и барон Черкасов, член специальной комиссии, занимавшейся разбором дела Мировича. Как пишет В. В. Стасов, он подал письменное мнение следующего содержания: «Мне невероятно, чтоб Мирович не имел сообщников в своем злом умысле, кроме Аполлона Ушакова». Это мнение Черкасова произвело сильное волнение в собрании. На заседании выступил сенатор Петр Иванович Панин (брат Никиты Ивановича и бывший покровитель Мировича), клонивший к тому, чтобы Мировича не пытать, так как из дела достаточно уже видно, что у него сообщников, кроме Ушакова, никого не было и ни о каких внушителях не может быть и речи.
Вечером 15 сентября тело Мировича, оставленное на позорище народу в продолжение целого дня, было сожжено вместе с эшафотом. В тот же самый день трех капралов и трех рядовых, помогавших Мировичу, прогнали на том же обжорном рынке сквозь строй перед тысячью человек десять раз и сослали на каторгу. Подпоручика князя Чефаридзева лишили чинов, посадили в тюрьму на шесть месяцев, потом отправили рядовым в астраханский батальон. Придворного лакея Касаткина наказали на обжорном же рынке батогами и послали рядовым в Воронежский гарнизон.
Между тем значительные награды были даны офицерам и Чекину. Сержант был произведен в прапорщики, унтер-офицер — в подпрапорщики, прочие четырнадцать рядовых — в капралы, причем каждый из последних получил по 100 рублей.
Уже тотчас после умерщвления Иоанна Антоновича много было споров о следующих двух вопросах: 1. Были ли у Мировича, кроме ничтожных людей, им выставленных, еще другие, более важные соучастники, которые подтолкнули его на совершение приписываемого ему одному предприятия и от которых он ждал поддержки. 2. Участвовала ли сама императрица каким бы то ни было образом в этом деле. Фактов, прямо и положительно отвечающих на эти вопросы, не имеется, но тем не менее нельзя обойти без внимания несколько событий и подробностей, которые в общей сложности приводят к убеждению, что на оба эти вопроса можно почти с полной достоверностью ответить утвердительно.
Не первому Мировичу пришло в голову освобождать Иоанна Антоновича и снова возвести его на престол. В письме к генералу Веймарну от 15 июня 1764 года Панин писал: «Ее величество напоминает и примечать изволит, что с великого поста более 12 раз по той же материи (об освобождении Иоанна Антоновича) разное вранье открылось, да и в месте перед ее отсутствием один гвардии прапорщик, выписанный ныне в армейские полки (о котором я с вашим превосходительством уже говорил), тоже врал слышанное на кабаках от самой подлости (то есть от простого народа), будто б принц Иоанн жил тогда в деревне под Шлиссельбургом, многие армейские штаб-офицеры и солдаты ему присягали, и много людей из города к нему туда на поклон ходят». О других разговорах в народе известно из показаний Мировича о придворном лакее Касаткине и рейтаре конной гвардии Торопченине, наконец, и из подметного безымянного письма, поднятого нищею старухою в самый день отъезда императрицы из Петербурга в Лифляндию.
Был ли Мирович связан с теми, кто все это говорил и писал, или нет, неизвестно, но все-таки можно предполагать, что он рассчитывал на каких-то помощников, во-первых, в артиллерийском корпусе, куда хотел привезти прямо из Шлиссельбурга Иоанна Антоновича (объяснения Мировича о причинах его надежд на артиллерийский корпус очень неубедительны и кажутся одной лишь отговоркой), а во-вторых, на тех, кто должен был подъехать к Шлиссельбургу ночью на лодках, для чего Мирович дал часовым приказ: пропустить прибывших на лодках. Объяснения Мировича и по этому поводу также совершенно неубедительны. Едва началось следствие над ним, открылось, что в ночь с 4 на 5 июля к Шлиссельбургу действительно подходили две шлюпки с вооруженными людьми с целью освободить Иоанна Антоновича.