Из Москвы его поддерживали: в вотчину воронежскому архиерейскому дому были определены 210 крестьянских дворов. 2 октября 1683 года в ведение архиерейского подворья также был передан Карачунский монастырь с двадцатью крестьянскими дворами, а через три года приписан еще и Троицкий Борщов монастырь, за которым числилось 175 крестьянских дворов. Все это постоянно увеличивало доходы епархии, а следовательно, давало возможность строиться и развиваться.
В 1684 году Митрофан подал московскому Патриарху Иоакиму челобитную с просьбой о возведении в Воронеже каменного Благовещенского храма на месте деревянного, безнадежно обветшавшего.
Патриарх благословил строительство собора. По указанию из Москвы на его возведение было выделено триста пудов железа из государственных запасов, а для колокольни царь прислал в Воронеж колокол в двести пудов. Каменный пятиглавый Благовещенский собор освятили в 1692 году. В конце XVIII века это было самое большое и величественное здание в Воронеже.
Одновременно с этой стройкой по инициативе воронежского владыки началось строительство новой каменной церкви в Успенском монастыре вместо трех сгоревших деревянных.
Созидательное начало епископа Митрофана проявилось и в реформировании органов епархиального управления. При нем был создан приказ судный духовных дел и казенный приказ – и не просто «на бумаге»: для выполнения указов епископа в Воронеже появились архиерейские домовые приставы.
Архиерей лично разбирал судебные дела, связанные с неподобающим поведением священников и монахов в епархии, строго пресекая пьянство, тунеядство и «соблазнительное бродяжничество». Вместе с тем он защищал священников от всевозможных притеснений со стороны мирян.
Одной из главных забот епископа Митрофана стало воспитание образованного, благочестивого священства, которое будет пользоваться уважением и любовью в народе.
Епископу-строителю некогда было писать пространные литературные сочинения – все свои наказы и заветные мысли он выразил в составленном им «Духовном завещании», преимущественно обращенном к лицам духовного звания.
«Священный чин всей моей епархии: священноигумены, священноиноки и мирские иереи и диаконы и весь священный чин, – сохраните себя от всяких скверных сатанинских нечистых дел; как говорит Златоуст, отвергните от себя пьянство, объедение, лишитесь тяжбы, и свар, и хулы на друга своего и скверного взяточничества, клятвы и лжи, скупости, и ненависти, и лукавства, блуда и всякой нечистоты избегайте. Со всяким вниманием живите и заповедям Господним внимайте».
Зато устных проповедей Митрофан Воронежский и сам говорил много, и призывал к «учительному слову» всех священников епархии. Слишком часто вместо живой проповеди прихожане в храмах слушали уставные чтения из «Пролога» на малопонятном старославянском языке. Епископ Митрофан велел священникам открывать школы, собирать в храмах и монастырях библиотеки, да и самим повышать свой образовательный уровень.
В 1696 году утвердившийся на престоле царь Петр затеял строительство корабельной верфи в Воронеже.
Вот как описывает первый царский приезд в Воронежские края историк С. М. Соловьев: «В начале 1696 года Петр с больной ногой едет в Воронеж. Опять препятствия, задержки: иностранные лекари пьют и во хмелю колют друг друга шпагами; подводчики бегут с дороги, бросая перевозимые вещи; леса горят именно там, где рубят струги; в Воронеже капитан кричит, что в кузнице уголья нет; мороз не вовремя снова леденит реки и останавливает работы; но Петр не отчаивается. „Мы, – пишет он, – по приказу Божию к прадеду нашему Адаму, в поте лица своего едим хлеб свой“. И этот хлеб он ел в маленьком домике, состоявшем из двух комнат…» («Публичные чтения о Петре Великом. Чтение пятое»).
Многие считали корабельное строительство странной и ненужной затеей молодого царя Петра, а затраты на флот чрезмерными и расточительными. Но воронежский епископ Митрофан поддержал деятельность Петра по созданию флота и лично проводил в верфи освящение построенных кораблей.
Рядом с корабельной верфью находились Успенская церковь и монастырь, который стал мешать развернувшемуся строительству. По приказу царя монастырь был объединен с Алексеевским Акатовым монастырем, туда же перенесены все монастырские постройки, кроме Успенской церкви. Хлопотами епископа деревянный храм был заменен на каменный. Работы проводились по инициативе царя и по благословению епископа.
Царь Петр и епископ Митрофан оценили друг друга.
Несмотря на большую разницу в возрасте – Митрофану было семьдесят, а Петру – двадцать четыре года – в главном они были похожи: два неутомимых труженика, непритязательные в еде и роскоши, умеющие с упорством делать дело и добиваться своего.
«Петр работник, Петр с мозольными руками – вот олицетворение всего русского народа в так называемую эпоху преобразований», – пишет С. М. Соловьев («Публичные чтения о Петре Великом. Чтение четвертое»).