Главными врагами аполлинаризма были антиохийцы, к которым принадлежали Диодор Тарсийский (ум. в 392 г.), глава их школы, св. Иоанн Златоуст (ум. в 407 г.), Феодор Мопсуэстийский (ум. в 428 г.), «учитель учителей и толкователь толкователей» Феодорит Кирский (ум. ок. 458 г.), Ива Эдесский (ум. в 457 г.). Они обновили традиции старой антиохийской школы (гл. VII,2), оплодотворив их малоасийским, «Иринеевским» богословием. Враги аллегорического метода александрийцев, они сосредоточивались на проблемах религиозно–нравственных — ив этом смысле Златоуст является одним из трех «вселенских великих учителей» — и на «положительном» богословии — ученейший Феодорит дал систематическое изложение христианской веры (ср. стр.142). Они дорожили конкретным образом Иисуса Христа, но были аристотелевцами и рационалистами. Естественно, что некоторые из них приблизились к «лукианизму» (гл. VII,2), особенно Феодор. Он не хотел думать, как Павел Самосатский; но он не сумел найти своим взглядам место в церковном учении; и св. Кирилл справедливо говорил о его «мерзостях» и «хульных устах». — Во Христе, учил Феодор, соединены две природы: единосущный Отцу Бог и единосущный нам человек. «Раз мы пытаемся различать две природы, мы утверждаем, что есть совершенное лицо человека и совершенное лицо Божества». Поэтому воплощение лишь «кажется»: Логос приял человеческое лицо, оставаясь Лицом Божественным. Он «обитал» в человеке, но не «по сущности» или «энергии», а по «благоволению», т. е. по «наилучшему и прекраснейшему волению Божьему» и несравнимо с обитанием Его в святых и в пророках.
«Когда же мы рассматриваем обе природы со стороны их соприкосновения, мы говорим об одном лице. Тогда одно лицо объемлет две природы, и человечество приемлет честь, воздаваемую тварью Божеству, а Божество совершает в человечестве все должное».
Не все антиохийцы думали так и не все так неосторожно выражали свою мысль. Но основная тенденция школы сказывалась и у Феодорита и у Нестория, в 428 г. ставшего патриархом Константинопольским. Оставаясь православными, они стояли на грани ереси; и в обличении ее заключалась существенно важная задача Церкви, понятая Кириллом Александрийским (412—444 гг.). Несторий помог делу своей неосторожностью. Он сразу же начал бороться с ересями (стр.142) и, вооружив против себя уже монофиситствующих монахов во главе с Евтихием, сам склонился к арианствующим. В Константинополе слышались возражения против наименования Девы Марии Богородицей , закрепленного и литургически (стр.118 сл.) а прибывшие с Несторием антиохийцы проповедовали: «Мария была человеком, от человека же Богу родиться невозможно». Новый патриарх предлагал компромисс: называть Деву Марию не «человекородицей» и не «Богородицей», а «Христородицей»; но мысль его была православным ясна. Ведь он высмеивал, как языческую басню, мысль о Боге в пеленках или на кресте.
«Разве, — спрашивал Несторий, — у Бога есть мать? Мария родила не Божество, ибо рожденное от плоти плоть есть. Тварь родила не Творца, а человека, орудие Божества».
А за этим уничижением Богородицы, конечно, скрывались склонность к разделению единого Христа на две личности и во всяком случае отрицание того обожения человеческой природы во Христе, о котором писал Григорий Нисский (стр.132). И вполне справедливо, опровергая несторианство, св. Кирилл сосредоточивал самое идею Православия в имени «Богородица» и настаивал не только на ипостасном единстве обеих природ, но и на том, что оно особенным образом, «как бы природно» их объединяет. «Говорим, что соединены две природы . После же соединения устранено разделение на две, а посему верим, что одна природа Сына».
Это внешне более чем смелое определение не является, однако, монофиситским, ибо под «природой» разумеется у Кирилла ипостасное единство в его преображающем и человеческую природу действии и взаимоотношение природ (communicatio idiomatum). Он всегда настаивает, что природы соединены «неслиянно», «неизменно», «непреложно» (, , , ), и отвергает всякое слияние и сосущность (–,). Но нельзя говорить о Христе, разделяя Бога и человека, а следует все относить к одной Божественной Ипостаси.