В своей грамоте, которую он приказал зачитать в Капитолии, он высказал несколько истин, касающихся святого престола. Например: «Народы Италии! Римская церковь не только растрачивает средства, которые она вымогает, пользуясь суеверием христиан, но она осмеливается низвергать суверенов и делать их своими данниками. Мы не будем сейчас говорить о поборах, симонии и торговле церковными должностями, обо всем, чем она оскверняет весь Запад, ибо всякий знает, что папы подобны ненасытным пиявкам. Священники утверждают, что церковь – наша мать. Напротив, она обращается с нами, как жестокая мачеха, лицемерно называющая нас детьми; она рассылает во все края легатов, которые подстрекают к погромам, воруют богатства правителей и народов. В руках церкви мораль Христа служит оружием во имя накопления богатств, оружием, позволяющим церковникам действовать так, как действуют разбойники на большой дороге. С помощью индульгенций церковь бесстыдно торгует правом совершать преступления, она беззастенчиво раздает лучшие места в раю тем, кто приносит ей больше денег». Что ж, приговор суров, но справедлив!
Когда святой отец узнал об этом воззвании, тем более неприятном, что оно было обнародовано, ярости его не было пределов. Он обратился к епископам с энцикликой, приказав им наложить интердикт на все города и селения, через которые проходил император. Фридрих же, не испугавшись папских угроз, направился к Риму и вступил в город благодаря содействию сеньоров, враждебных папе. По наущению Фридриха партия гибеллинов подняла мятеж против Григория. В тот момент, когда папа служил обедню в соборе святого Петра, вооруженный отряд ворвался в храм и бросился к алтарю. Папа едва успел спастись бегством. Покинув Рим, он обосновался в Перузе, где стал ожидать лучших дней.
Некоторое время спустя Фридрих второй, женатый на наследнице Иерусалимского королевства, узнал о смерти дамасского султана и решил отправиться на завоевание Палестины: теперь он не боялся морской болезни и благополучно высадился в Сирии.
Коварный Григорий сразу же воспользовался отсутствием императора. Он отправил армию против герцога, на которого Фридрих возложил управление Сицилией, Апулией и Калабрией. Сыграв на низменных инстинктах своих солдат, Григорий предоставил им привилегии, которые давались участникам войны с неверными. Получив заранее полное отпущение грехов, эти бандиты стали безжалостно расправляться с населением захваченных провинций. Во главе их стоял Жан де Бриенн, тесть Фридриха. Вот что писал один из приверженцев Фридриха второго о том, как воевала папская армия: «После вашего отъезда, государь, святой отец собрал многочисленную армию с помощью Жана де Бриенна. Его легаты проникли в наши земли, заявляя, что сразят вас мечом, раз им не удалось сразить вас анафемой. Их войска жгли селения, грабили землевладельцев, насиловали женщин, опустошали поля. Не останавливаясь ни перед чем, не уважая ни храмов, ни кладбищ, они разворовали священную утварь и разграбили могилы. Никогда ни один первосвященник не позволял себе столь гнусных дел. Ныне они поставили стражу во всех портах, чтобы захватить вашу особу, если вы явитесь с небольшой свитой. Нам также известно, что его святейшество интригует против вас даже на святой земле, где вы теперь находитесь. Он заключил соглашение с храмовниками, чтобы сразить вас кинжалом подосланного убийцы. Да хранит вас бог от неверных, а еще больше от папы и его приверженцев».
Предостережение оказалось весьма кстати. По распоряжению Григория храмовники дали знать египетскому султану Малек-эль-Камелю, что Фридрих намеревается совершить паломничество пешком, почти без свиты, к берегу Иордана. Они даже точно указали день, чтобы султан без труда мог захватить императора или убить его. Фридрих не успел еще получить предупреждение и, вероятно, пал бы жертвой заговора, пожелай султан воспользоваться сообщением храмовников. Но египетский султан смотрел на вещи иначе, чем наместник Христа, и переслал послание храмовников императору. Немедленно заключив соглашение с султаном, Фридрих отправился в Италию.
Его прибытие сразу же изменило положение дел. Папские войска потерпели поражение и, так как они лишились возможности грабить, начали разбегаться. Тогда папа, не желая прекращать борьбу, приказал продать весь урожай на корню, пустить с молотка церковную утварь и предметы культа. На вырученные деньги ему удалось сколотить новую армию, но и она была разбита. Единственным его оружием остались анафемы.
Но император, не боявшийся такого рода снарядов, продолжал свой триумфальный путь к Риму. Он уже находился у его стен, когда произошло неожиданное событие. В результате грозы Тибр разлился настолько, что его воды затопили город. После того как река вошла в свое русло, в городе воцарился смрад от нечистот.
Вспыхнула эпидемия. Римское духовенство моментально воспользовалось этим и стало проповедовать, что бог покарал римлян за то, что они отвернулись от святого отца.