С 1943 года на верфях в Куре. Кобе и Йокосуке выпускалась еще одна серия из нескольких подводных лодок: И-361. М-363. М-366. II-367. М-368. М-369. М-370 и 11-372. Изначально эти лодки предназначались на роль подводных транспортов п получили известность как «тип D1». При водоизмещении 1779/2215 т. и сравнительно невысокой скорости 13.0/6.5 узлов лодки имели запас хода 15000 миль/10 узлов и 120 миль/3 узла.
Лодки могли брать груз массой до 82 тонн, в том числе две десантных баржи. Торпедные аппараты на этих лодках отсутствовали. а их вооружение состояло из единственной 140-мм пушки и двух зенитных 25-мм пушек. Кроме 60 человек экипажа лодки «тип D1» могли перевозить десант численностью до 110 человек.
Уже осенью 1943 года, то есть еще до начала серийного выпуска управляемых торпед, для транспортировки управляемых торпед приспособили армейский транспорт типа LST I (1800 т… 96.0x10.2x3.6 м, 9500 л. с… 22 узла). Торпеды спускались на воду с помощью специального пандуса в кормовой части корабля.
В 1944 году для перевозки управляемых торпед Кайтен приспособили крейсер Китаками (1920 г., 5500 т… 158,53x14,17x4,8 м, четыре турбины общей мощностью 90000 л.с., скорость 31,75 уз.). Первоначально крейсер Китаками нес семь 140-мм пушек, две 76-мм пушки и восемь 533-мм ТА. В 1941 году крейсер переделали в «торпедный крейсер». Его вооружение стало 4x140 мм, 8x25 мм и 40 (!) (10x4) ТА калибра 609 мм. После очередной переделки крейсер приспособили для транспортировки восьми управляемых торпед Кайтен 1, а его вооружение изменили на 4x127 мм и 67x25 мм. В кормовой части по обеим бортам оборудовали пандусы для спуска управляемых торпед на воду.
В конце 1944 года крейсер получил серьезные повреждения во время авианалета. После ремонта мощность турбин составила всего 35000 л.с., а максимальная скорость упала до 23 уз. В результате крейсер уже не подходил на роль транспорта управляемых торпед. Поэтому в дальнейшем его использовали в качестве плавучей базы и учебного корабля.
В сентябре 1944 года на мине подорвался эсминец Намикадзе (1922 г., 1215 т., 22000 л.с., 28 уз.). После ремонта на палубе эсминца поставили крепления для двух управляемых торпед. В январе 1945 года эсминец Сёкадзе из той же серии, что и Намикадзе получил тяжелые повреждения в ходе одной из операций. В ходе ремонта его приспособили для транспортировки четырех управляемых торпед. Торпедный ангар оборудовали на месте прежнего машинного отделения № 1, а спуск торпед на воду производился с помощью 50-тонного крана. Оба эсминца после переделки несли только зенитное вооружение:
Намикадзе: 1x120 мм, 11x25 мм, 8x13 мм.
Сёкадзе: 1x120 мм, 11x25 мм.
Летом 1944 года, вскоре после начала серийного выпуска управляемых торпед Кайтен I, появился прототип новой управляемой ракеты, названный Кайтен II. Новая торпеда состояла из пяти секций общей длинной 16.76 м, диаметром 1,37 м и имела водоизмещение 18,3 т. Боевая часть вмешала фугасный заряд массой 1550 кг. На торпеде стояла газовая турбина мощностью 1500 л.с., работающая на перекиси водорода. Запас хода торпеды составлял 45 миль при движении со скоростью 20 узлов, 27 миль при 30 узлах и 13,5 миль при движении полным ходом со скоростью 40 узлов.
Проводились также испытания управляемых торпед типа Кайтен III с турбиной, форсированной до 1800 л.с., а также Кайтен IV, имевшей корпус Кайтен II н двигатель Кайтен I, благодаря чему появилась возможность увеличить массу боевой части до 1800 кг. Однако, обе эти модификации так и остались на стадии прототипов и в серию не пошли. Работы над новыми торпедами велись с целью превратить управляемые торпеды из наступательного в оборонительное оружие. Их планировалось применять против американских десантных средств при обороне японских островов.