Вместе с тем в ходе его проведения были допущены искажения политики партии и ошибки, особенно местными органами ЧК. Были случаи необоснованных арестов, взятия заложниками офицеров и специалистов, честно служивших Советскому государству.
Свердлов считал особенно недопустимой атмосферу подозрительности, созданную в некоторых советских учреждениях. Заменяя собой классовую бдительность, взаимное недоверие расползалось и проникало в среду самих революционеров, что вызывало решительный протест Якова Михайловича. «…Будучи суров к врагам, он с возмущением говорил об излишней подозрительности отдельных товарищей, пытавшихся за каждым промахом, за любой ошибкой, всегда возможной в работе, усмотреть чуть ли не измену или предательство. — рассказывает Клавдия Тимофеевна. — Нет ничего хуже, говорил Яков Михайлович, чем подмена бдительности подозрительностью, особенно когда речь идет о людях из пашей среды, о членах единой великой семьи, какой является наша партия».
Новая обстановка, возникшая в результате поворота среднего крестьянства и вообще среднего слоя к укреплению союза с рабочим классом, требовала изменения тактики диктатуры пролетариата. Этого требовало также общее укрепление всей советской системы, складывание ее революционного законодательства.
Едва поправившись после ранения, Ленин пишет тезисы о точном соблюдении законов. «Законность должна быть повышена (или строжайше соблюдаема), ибо основы законов РСФСР установлены», — отмечено в тезисах[106]. Вместе с тем Ленин в этих же тезисах допускал, что в условиях войны экстренные меры борьбы с контрреволюцией не должны ограничиваться законами, могут выходить за пределы законов, при условии точного и формального заявления об этом соответствующего советского учреждения.
2 октября 1918 года ЦК партии специально обсуждал вопрос о работе ВЧК и принял решение о необходимости подготовить проект положения о ЧК. Подготовка проекта была поручена Дзержинскому.
В ходе подготовки проекта в партийной и советской печати развернулась дискуссия о задачах и функциях Чрезвычайных комиссий и их месте в системе диктатуры пролетариата. Дискуссия приняла острый характер.
В «Правде» была опубликована статья одного из старейших деятелей большевистской партии, большого друга Якова Михайловича — Ольминского. Михаил Степанович подверг резкой критике орган Чрезвычайной комиссии — «Еженедельник ЧК». Авторы ряда статей «Еженедельника» стремились доказать, что ЧК стоит над Советами. Ольминский показал несостоятельность подобных утверждений и подчеркнул необходимость партийного контроля над деятельностью ЧК. «Работа Чрезвычайных комиссий, — писал Ольминский, — в высшей степени ответственна и требует от работников величайшей выдержанности во всех отношениях». За статьей Ольминского в «Правде» и «Известиях» появились и другие, авторы которых говорили о необходимости подчинения ВЧК Народному комиссариату внутренних дел, ликвидации уездных ЧК, передачи права вынесения приговоров судебным органам (революционным трибуналам), укрепления состава работников ЧК и освобождения их от случайных непролетарских элементов.
Руководящие работники ВЧК — Я. X. Петерс, Г. Шкловский, В. В. Фомин, М. Я Лацис — подчеркивали необходимость централизации всей работы Чрезвычайных комиссий, непосредственного подчинения ЧК Совету Народных Комиссаров, соглашались с необходимостью контроля работы ЧК со стороны Коммунистической партии и высших органов Советской власти. В то же время в их статьях содержались утверждения, что Чрезвычайные комиссии — единственные боевые пролетарские органы, проводящие в жизнь диктатуру пролетариата.
Народный комиссар внутренних дел Г. И. Петровский, его заместитель В. А. Тихомирнов подвергли критике авторов и редакторов «Еженедельника ЧК» за фактическое отрицание ими революционной законности, регулирующей деятельность ЧК, за утверждение невозможности соблюдать конституционные гарантии граждан в условиях острой борьбы с контрреволюцией. В противоположность этому работники НКВД считали, что соблюдение конституционных гарантий граждан — непременное условие успешной борьбы с контрреволюцией.
Особенно резкую критику и протесты вызвала статья работников уездной ЧК из Нолинска — городка Вятской губернии. Статья носила крикливое название «Нельзя миндальничать». Возомнившие себя уездными Маратами, авторы из Нолинска обвиняли ВЧК в либеральничании и требовали применения методов физического воздействия по отношению к арестованным.