Десятого сентября светлейший князь ставит Суворову задачу не допустить турецкие подкрепления к Измаилу сухим путем. 25 сентября он делится со своим другом планом операции. К сожалению, этот документ не разыскан. Из ответа Суворова следует, что он разделял замысел главнокомандующего и смело развивал его: «Вашей Светлости милостивое письмо сего от 25 ч. получил… В присутствии или помощи сухопутных войск гребной флот возьмет Килию, Измаил, Браилов… Как декрет на Булгарию не публикован, мечтается в перспективе, что по времени Ваша Силистрия… ежели черта пера не предварит острие меча. Вашей Светлости Новый год! Новые мне милости. Я выстрелю за Ваше здравие». Последние три фразы — характерное для Суворова поздравление князя Григория Александровича с днем рождения. Мысль о взятии Силистрии и походе за Дунай, в Болгарию — свидетельство участия Суворова в разработке планов кампании. После овладения крепостями на Дунае решительный удар на Константинополь должен был заставить противника спасаться от «острия меча» (войны) «чертой пера» (миром).
Идея Суворова была замечательной, если забыть об англо-прусских планах. Переход Дуная мог вызвать прямое вооруженное вмешательство союзников Турции. Поэтому Потемкин решил ограничиться захватом турецких крепостей в низовьях Дуная. 29 сентября он приказал начальнику всей русской артиллерии генерал-аншефу Ивану Ивановичу Меллеру-Закомельскому овладеть крепостью Килия.
Несмотря на значительное число войск и относительную слабость этой крепости, русскому командованию не удалось обеспечить четкого взаимодействия корпусов. Более двух недель войска топтались под ее стенами. Осаде сильно вредила артиллерийским огнем турецкая речная флотилия. В одной из схваток Меллер был смертельно ранен. Сменивший его генерал-поручик Иван Васильевич Гудович не отличался решительностью. Жалуясь Потемкину на опоздание гребной флотилии (сильные ветры задержали ее поход к устью Дуная), он не видел иной возможности взять Килию, кроме формальной осады с рытьем траншей и постройкой осадных батарей. Задержка у стен незначительной крепости грозила срывом всей операции, но 18 октября гарнизон Килии капитулировал. На другой день последовал ордер Суворову: «Хотя Ваше Сиятельство может быть прямо получили уже известие о покорении Килии, но, тем не менее, считаю за нужно Вас о том чрез сие уведомить, предписывая объявить о том в команде Вашей и принести благодарственное Всевышнему моление». Как всегда, к ордеру было приложено письмецо: «Килия сдалась, флотилия входит, флот наш показался. Боже, дай хорошее время, а паче свою всемощную помощь…» Приписка внизу: «Граф Бальмен умер чахоткою, но турки разбиты и славно истреблены. Прощай, мой милостивый друг».
Новый командующий Кубанским корпусом генерал-майор Иван Иванович Герман, старый знакомец Суворова по Астрахани, отличился 30 сентября, разгромив сорокатысячную армию Батал-бея на Кубани. Весь лагерь, вся артиллерия и сам турецкий военачальник с многочисленной свитой оказались в руках победителей.
Двадцатого октября гребная флотилия прорвалась в Дунай. Решительными и дерзкими десантами были захвачены укрепления в устье реки. Вскоре пали турецкие крепости Тульча и Исакча. Неприятельская флотилия на Дунае была разбита. К середине ноября низовья Дуная от Галаца до устья были в руках русских, за исключением Измаила.
Поначалу Потемкин не мог поверить, что за стенами этой твердыни, подготовленной французскими инженерами к длительной обороне, укрывается целая армия — около 35 тысяч человек. Но разведка подтвердила: Измаил превращен в «орду колеси» — армейскую крепость, защищенную мощной артиллерией (около 250 орудий) и обильно снабженную припасами.
Известия, поступавшие из разных источников, свидетельствовали об активизации англо-прусской дипломатии. В Систове на Дунае затевалась новая конференция с целью принудить Россию к миру с Турцией без каких-либо территориальных уступок. Таким образом, Измаил, помимо стратегического, приобретал важное политическое значение: надо было напомнить противнику и его покровителям, кто является победителем. «Мы ожидаем известий из-под Измаила, — писала императрица Потемкину. — Это важный пункт в настоящую минуту. Он решит или мир, или продолжение войны».
Сухопутные войска и гребные флотилии, блокировавшие Измаил, насчитывали не более 30 тысяч штыков и сабель. Около половины составляли казаки, вооружение и характер службы которых мало подходили для штурма. Надвигавшаяся зима требовала скорых и решительных действий.
Потемкин поставил войскам задачу взять крепость. Гудович, только что отличившийся при Килии, не обладал достаточным авторитетом. Созванный им 25—26 ноября военный совет постановил прибегнуть к осаде, что фактически означало отказ от штурма. И действительно, командиры корпусов начали отводить войска. Даже наиболее решительно настроенный Рибас стал снимать осадную артиллерию с острова Чатал напротив Измаила и грузить ее на суда.