Окружной суд признал Колемина виновным в предъявленном ему обвинении и приговорил: «Подвергнуть Колемина денежному взысканию в пользу государственных доходов в количестве 2 тыс. руб., а в случае несостоятельности заключить в тюрьму на шесть месяцев». «Обратить на него судебные по делу издержки, находящиеся налицо вещественные доказательства уничтожить, добытые посредством преступления Колеминым деньги в количестве 35 407 руб. 25 коп. возвратить лицам, от которых они поступили; с деньгами, которые не будут истребованы лицами, поступить в порядке, указанном 512 статьей XIV тома Свода законов» («Судебные ведомости» 1874 г. № 95).
В своих мемуарах А. Ф. Кони неоднократно вспоминает это дело. Подробно оно изложено в т. 1 наст. Собрания сочинений, стр. 84—91.
Стр. 377 22 февраля 1893 г. в уголовном департаменте Сената рассматривалось дело по апелляционной жалобе бывшего
Председательствовал на заседании первоприсутствующий сенатор И. И. Розинг, докладывал дело сенатор Г. К. Репинский, заключение давал обер-прокурор сената А. Ф. Кони. Благодаря убедительному и острому выступлению А. Ф. Кони «Дело Протопопова» приобрело в России широкую известность.
Преступления совершались Протопоповым в сентябре 1890 года в Харьковском уезде. Протопопову вменялись в вину угроза «бить морды городовым, если они не будут отдавать ему честь», угроза сельскому сходу «перебить половину собравшихся», заявление, что «жалобы будут на морде, а прошение на задней части тела», а также нанесение побоев крестьянам Слепушенко, Серому и Старченко и производство незаконных арестов.
Речь А. Ф. Кони имела решающее значение, и, несмотря на защитительную речь адвоката, стремившегося доказать «отсутствие злой воли в действиях Протопопова», и заключительное слово самого Протопопова, ссылавшегося на свою неопытность и раздражительность и просившего снисхождения, Сенат утвердил приговор Харьковской палаты.
Газета «Неделя» с возмущением сравнивала деяния Протопопова с действиями времен крепостного права, осуждая прихоть чиновников, их личный каприз, нежелание подчиняться закону и официальным разъяснениям (1892 г. № 45).