Большевики опасались, что с приходом весны Романовы попытаются скрыться из Тобольска, и решили перевезти семью. Это путешествие совсем не было похоже на организованную эвакуацию. Отряд, прибывший в Тобольск, планировал вывезти императора и императрицу в Москву, но наперерез поезду, в котором они находились, выдвинулся отряд, посланный Омским советом депутатов, опасавшимся, что царскую семью вывезут в Японию. Чтобы успокоить Омск, принимается решение отвезти пленников в Екатеринбург и дальше двинуться в столицу. Но в Екатеринбурге пути оказались заблокированы. Конвою было приказано не прорываться с боем, а оставить пленников в Екатеринбурге. Их поместили в особняке инженера Ипатьева, который отныне назвался Домом особого назначения. Мария, приехавшая в Екатеринбург вместе с родителями, писала сестрам: «Скучаем по тихой и спокойной жизни в Тобольске. Здесь почти ежедневно неприятные сюрпризы. Только что были члены облает. Комитета и спросили каждого из нас, сколько кто имеет с собой денег. Мы должны были расписаться. Так как Вы знаете, что у Папы и Мамы с собой нет ни копейки, то они подписали, ничего, а я 16 р. 75 к. кот. Анастасия мне дала в дорогу. У остальных все деньги взяли в комитет на хранение, оставили каждому понемногу, выдали им расписки. Предупреждают, что мы не гарантированы от новых обысков. — Кто бы мог думать, что после 14 месяцев заключения так с нами обращаются. — Надеемся, что у Вас лучше, как было и при нас».
Позже в Ипатьевский дом перевезли остававшихся в Тобольске великих княжон и мальчика. Охранники были грубы и жестоки с ними.
14 июня Марии исполнилось 19 лет. Николай записал в дневнике: «Нашей дорогой Марии минуло 19 лет. Погода стояла та же тропическая, 26° в тени, а в комнатах 24°, даже трудно выдержать! Провели тревожную ночь и бодрствовали одетые…». Один из охранявших дом красноармейцев попытался тайком пронести к узникам именинный пирог, но был остановлен патрулем.
В начале лета семья стала получать тайные письма от людей, который утверждали, что готовят побег пленников. Эти письма передавал один из солдат конвоя. Вероятно, какие-то слухи дошли и до охранников, потому что они усилили меры предосторожности. Они также получили известия о бунте в Чешском легионе, солдаты которого ехали с Дальнего Востока. Вскоре чешские войска перерезали железнодорожные пути и стали приближаться к Екатеринбургу. В городе началась паника. Уральский облсовет потребовал немедленной казни Романовых. 3 (17) июля 1918 года царскую семью и оставшихся с ней врача и прислугу расстреляли в подвале Ипатьевского дома.
7 (21) июля Уральский совдеп опубликовал следующее сообщение:
«ПОСТАНОВЛЕНИЕ
Президиума Областного Совета Рабочих, Крестьянских и Красноармейских Депутатов Урала.
Ввиду того, что чехословацкие банды угрожают Красной Столице Урала — Екатеринбургу, ввиду того, что коронованный палач может избежать народного суда (раскрыт заговор белогвардейцев с целью похищения всей Романовской семьи), Президиум Областного Совета, выполняя волю революции, постановил: бывшего царя Николая Романова, виновного в бесчисленных кровавых преступлениях перед народом, расстрелять.
В ночь с 16 на 17 июля постановление Президиума Областного Совета было приведено в исполнение.
Семья Романовых перевезена из Екатеринбурга в другое более безопасное место».