Вся социологическая мысль сторонника субъективного метода определялась борьбой против натурализма в социологии, против органичной теории общества и применения дарвинизма к социальному процессу. Но он не понимает, что натурализму в социологии нужно противополагать духовные начала, которые он не хочет признать, и он не видит, что сам остается натуралистом в социологии. Михайловский утверждает борьбу между индивидуумом как дифференцированным организмом и обществом как дифференцированным организмом. Когда побеждает общество как организм, то индивидуум превращается в орган общества, в его функцию. Нужно стремиться к устройству общества, при котором индивидуум будет не органом и функцией, а высшей целью. Для Михайловского таким обществом представлялось социалистическое общество. Общество капиталистическое в максимальной степени превращает индивидуум в орган и функцию. Поэтому Михайловский, как Герцен, является защитником индивидуалистического социализма. Он не делает философского различия между индивидуумом и личностью и индивидуум понимает слишком биологически; целостный индивидуум у него носит совершенно биологический характер. Он хочет максимального физиологического разделения труда и враждебен общественному разделению труда. При общественном разделении труда, при органическом типе общества, индивидуум лишь «палец от ноги общественного организма». Он резко критикует дарвинизм в социологии, и критика его бывает очень удачной. С позитивизмом Михайловского трудно примирить его верную идею, что пути природы и пути человека противоположны. Он враг «естественного хода вещей», он требует активного вмешательства человека в изменение «естественного хода». Он обнаружил очень большую проницательность, когда обличал реакционный характер натурализма в социологии и восставал против применения дарвиновской идеи борьбы за существование к жизни общества. Немецкий расизм есть натурализм в социологии. Михайловский защищал русскую идею, обличая ложь этого натурализма. Ту же идею я по-иному философски формулирую. Есть два понимания общества: или общество понимается как природа, или общество понимается как дух. Если общество есть природа, то оправдывается насилие сильного над слабым, подбор сильных и приспособленных, воля к могуществу, господство человека над человеком, рабство и неравенство, человек человеку – волк. Если общество есть дух, то утверждается высшая ценность человека, права человека, свобода, равенство и братство. Михайловский имеет в виду это различие, но выражает его очень несовершенно, в биологических категориях. Это есть различие между русской и немецкой идеей, между Достоевским и Гегелем, между Л. Толстым и Ницше.
Михайловский делает важное различие между типами и ступенями развития. Он думает, что в России есть высокий тип развития, но на низкой ступени развития. Высокая ступень развития европейских капиталистических обществ связана с низким типом развития. Эту же идею по-иному выражали славянофилы, это была и идея Герцена. Михайловский был общественник и мыслил общественно, как и вся левая русская интеллигенция. Но иногда он производит впечатление врага общества, он видит в обществе, в совершенном обществе врага личности. «Личность, – говорит он, – никогда не должна быть принесена в жертву; она свята и неприкосновенна». Народничество Михайловского выражалось в том, что он утверждал совпадение интересов личности и народа, личности и труда. Но это не помешало ему видеть возможность трагического конфликта личности и народных масс, он как бы предвидел конфликт, который случится в разгар русской революции. «У меня на столе стоит бюст Белинского, который мне очень дорог, вот шкаф с книгами, за которыми я провел много ночей. Если в мою комнату вломится русская жизнь со всеми ее бытовыми особенностями и разобьет бюст Белинского и сожжет мои книги, я не покорюсь и людям деревни; я буду драться, если у меня, разумеется, не будут связаны руки». Значит, может быть долг борьбы личности против общества-организма, но и против народа. Михайловский повсюду проводит идею борьбы за индивидуальность. «Человеческая личность представляет собою одну из ступеней индивидуальности». Он субъективно выбирает ее, как верховенствующую.