После того как кэптен Фрэнсис Д. Ли продемонстрировал эффективность минного оружия в его наступательной форме, утопив в марте 1863 г. в гавани Чарльстона блокшив, высшие чины конфедератов решили опробовать новое оружие в настоящем деле. В тот период Чарльстон блокировала сильная эскадра северян, в составе которой имелось несколько броненосцев, в том числе самый могучий из всех броненосец флота Соединенных Штатов — «Нью Айронсайдз», флагман эскадры. Броненосцы находились далеко от берега, поэтому командование нашло «промежуточное» решение — атаковать первый попавшийся корабль северян. Минный катер Ли под командование лейтенанта Уильяма Т. Глэсселя предпринял не увенчавшуюся успехом атаку против винтового шлюпа «Поухэтэн», атака состоялась всего через несколько дней после эффектной демонстрации, устроенной Ли в Чарльстоне. В последний момент рулевой катера запаниковал, отвернув от цели, когда на нее оставались считанные футы. Не смотря на провал атаки, цель для минных катеров оставалась прежней — «Нью Айронсайдз». Ли, Глэссель и другие энтузиасты использования минного оружия в наступательном ключе считали утопление броненосца тычком шестовой мины возможным. Энтузиастов поддерживал сам генерал П.Г.Т. Бьюрегард. Генерал отдал приказ конвертировать в минные катера несколько буксирчиков, оснастив их минами конструкции Ли. Так в конце лета у конфедератов появилась небольшая флотилия миноносцев.
Подводные лодки «Пионер», «Пионер II» и «Аллигатор»Предположительно, первой подводной лодкой, построенной в годы Гражданской войны между Севером и Югом стал корабль «Пионер», изготовленный в Новом Орлеане в частном порядке тремя луизианцами, в числе которых были Хорэс Ханли и Джэймс МакКлинток. «Пионер» никогда не использовался в боевых действиях, так как его постройку завершили в конце марта 1862 г., всего за несколько недель до оккупации Нового Орлеана войсками Соединенных Штатов. Корабль поломали, а его конструкторы эвакуировались из Нового Орлеана в Мобиль, Алабама, где продолжили работы в области подводного кораблестроения. Поврежденный «Пионер» тщательной осмотрели представители технических отделов разведывательного сообщества вооруженных сил Соединенных Штатов. После войны субмарина пошла на слом.
Чертежи субмарины «Пионер II» не сохранились. Данная реконструкция выполнена на основе описаний и зарисовок, сделанных представителями военного флота Конфедерации во время испытаний корабля в 1862 г. Подобно большинству субмарин того времени, на «Пионере II» стояч гребной винт с ручным приводом, рули также управлялись вручную. Неудивительно, что лодка получалась медлительной и трудно управляемой, особенно в изгибах фарватера реки Миссисипи. На верхней поверхности корпуса лодки крепилась снабженная штопором адская машина. Штопор предлагалось вкручивать в деревянное днище супротивного корабля.
Построенный в Мобиле «Пионер II» оказался неудачным кораблем в конструктивном отношении в силу использования его конструкторами и строителями новейших, еще толком не отработанных, технологий. Попытка установить на корабле электродвигатель или паровую машину успехом не увенчалась, пришлось ставить привычный гребной винт с ручным приводом.