В июле 1863 г. мускулоход «Х.Л. Хэнли» был спущен на воду. Начались испытания субмарины. В то время кораблем командовал или МакКлинток, или лейтенант Джордж И. Диксон — инженер из Кентуккми, служивший некогда в одном, 21-мАлабамском добровольческом, полку с лейтенантом Александером. Диксон принимал участие в сражении у Шило в апреле 1862 г., в ходе которого получил ранение в ногу. Рану Диксон прибыл залечивать в Мобиль, а оправившись от раны нашел приложение своему инженерному прошлому у коллеги Александера. Диксон проявил самый живой интерес к проекту субмарины и быстро стал своим в кругах подводников Конфедерации. Через две недели после спуска субмарину продемонстрировали адмиралу Буханану. Субмарина с миной на буксире подошла под водой к барже, прикрепила адскую машину и взорвала баржу. Старый морской волк поразился возможностям нового вида военно-морской техники. Буханон рекомендовал «изобретение мистеров Уитни и МакКлинтока» генералу П.Г.Т. Бьюрегарду в Чарльстоне. Генерал оценил послание адмирала, после чего субмарину немедленно доставили по железной дороге в Чарльстон.
«Заводской» экипаж из конструкторов и строителей субмарины не обладал достаточной морской практикой для обеспечения боевого применения подводного мускулохода, в силу чего лидеры Конфедерации отрядили на субмарину военно-морской экипаж во главе с лейтенантом Джоном А. Пэйном. 30 августа лодка, однако, затонула рядом с доком из-за того, что Пэйн перепутал направление перемещения рычагов — вода устремилась внутрь корпуса через открытые люки. Пять членов экипажа погибли, но сам Пэйн успел покинуть тонущую субмарину. На этом служба Пэйна в подплаве завершилась. Новый экипаж набирал лично Ханли из числа сотрудников механической мастерской в Мобиле. Подводная лодка «Х.Л. Ханли» задержалась со вступлением в строй из-за прискорбного затопления на три недели.
Итак, подводная лодка была подготовлена к ведению боевых действий, но менее чем через месяц вновь случилась очередная катастрофа — она утонула. Случилось то прискорбное событие 15 октября 1863 г. во время учебного погружения. Восемь членов экипажа во главе с Ханли погибли. Причина затопления — внезапный и резкий перелив воды из открытой сверху балластной цистерны внутрь корпуса. Лодку оперативно подняли, не менее оперативно подготовили резервный экипаж. Субмарина вернулась в строй. Теперь командиром стал лейтенант Диксон. Лишь критическая ситуация, которая сложилась вокруг Чарльстона, заставила генерала Бьюрегарда дать санкцию на боевое применение подводного корабля. Диксон стал готовить свой экипаж добровольцев к атаке неприятельского флота. Объектом удара Диксон избрал корабль Соединенных Штатов «Хоустоник». Первый боевой поход подводного мускулохода «Х.Л. Ханли» стал одновременно и последним. 17 февраля 1864 г. субмарина вышла в атаку на «Хаустоник». Корабль Соединенных Штатов в результате взрыва адской машины затонул, однако «Х.Л. Ханли» в базу не вернулся.
В мае 1995 г. экспедиция, спонсируемая известным романистом Кливом Касслиром, обнаружила «Х.Л. Ханли» на дне морском в четырех милях от острова Салливана. Лодка лежала на глубине 30 футов завалившись на правый борт носом в сторону своей базы в Брич инлет. С лодки были сняты некоторые вещи. Культминацией экспедиции стал подъем субмарины в августе 2000 г. «Х.Л. Ханли» доставили в специально построенный консервационный центр, где команда археологов и реставраторов немедленно приступила к своей трудной, но такой нужной работе. В апреле — мае 2001 г. из лодки извлекли останки членов экипажа. 17 апреля 2004 г. останки моряков после елико возможной идентификации были похоронены с воинским почестями в Чарльстоне, рядом с первыми двумя экипажами субмарины, погибшими и захороненными в годы Гражданской войны.
Изучение поднятой субмарины обогатило историков знаниями об особенностях подводных лодок времен Гражданской войны между Севером и Югом.