Теория эволюции Дарвина также является господствующей теорией в своей области в том смысле, что никто всерьёз не сомневается, что эволюция через естественный отбор, действующий на популяциях со случайными вариациями, — это «происхождение видов» и, в общем, механизм биологической адаптации. Ни один серьёзный биолог или философ не приписывает ныне происхождение видов божественному творению или эволюции Ламарка. (Ламаркизм, эволюционная теория, которую вытеснил дарвинизм, был аналогом индуктивизма. Эта теория приписывала биологические адаптации наследованию характеристик, к которым организм стремился и которые он приобрёл за всю свою жизнь.) Однако, как и в случае с тремя другими основными нитями, многочисленны и широко распространены возражения чистому дарвинизму
Дарвинизм также критиковали за цикличность в доказательстве, потому что он говорит о «выживании наиболее приспособленных» как об объяснении, в то время как «наиболее приспособленных» определяет по факту — как тех, кто выжил. С другой стороны, если независимо определить «приспособленность», то идея о том, что эволюция «благоприятствует наиболее приспособленным», по-видимому, противоречит фактам. Например, наиболее интуитивным определением биологической приспособленности была бы «приспособленность вида для выживания в определённой нише» в том смысле, что тигра можно рассматривать как оптимальную машину для занятия именно той экологической ниши, которую занимают тигры. Стандартные контрпримеры «выживанию наиболее приспособленных» в этом смысле — это адаптации, такие как хвост павлина, которые, на первый взгляд, делают организм гораздо
Новшество Ричарда Докинза, изложенное в его книгах «Эгоистичный ген» (The Selfish Gene) и «Слепой часовщик» (The Blind Watchmaker), вновь состоит в заявлении об истинности господствующей теории. Он заявляет, что ни одно из сегодняшних возражений против «чистой» дарвиновской модели при внимательном изучении не является хоть сколь-нибудь существенным. Другими словами, Докинз заявляет, что теория эволюции Дарвина обеспечивает полное объяснение происхождения биологических адаптаций. Докинз развил теорию Дарвина в её современной форме как теорию репликаторов. Репликатор, который лучше других добивается своей репликации в данной среде, в конце концов вытеснит все остальные варианты самого себя, потому что, по определению, они реплицируются хуже. Выживает не наиболее приспособленный вариант