Впрочем, последующие десятилетия Герман Вирт не слишком часто обращался к проблеме Экстернштайна. Ситуация изменилась именно в 60-е годы, когда Вирт начинает работу над научным трудом, который назывался «Европейская прарелигия и Экстернштайн». В ней он высказал новые мысли относительно предназначения и трактовки загадочных скал.
Толкование Вирта во многих моментах отличается от того, что было принято даже в Третьем рейхе. Во-первых, он рассматривал Экстернштайн как комплекс из четырех, а не пяти скал. Во-вторых, он предпочитал давать скалам свои собственные названия. Так, например, первую скалу, «скалу гротов», Вирт предпочитал именовать «большим Экстернштайном».
Рассуждая о названии Экстернштайна, Вирт исходил из того, что на ингвеонском (англо-фризском) наречии, которое было широко распространено в Европе в «германские времена», скалы обозначались как
Вирт также обращал внимание на то, что в вестфальско-голландском диалекте существовало слово «экстер», которое соответствовало слову «эльстер» в верхненемецком языке. Это слово относилось к сороке, птице, которая в Средние века считалась спутницей ведьм. Высказывалось мнение, что под ведьмами нередко подразумевались служительницы «материнского культа». Подтверждением этому, по мнению Германа Вирта, служили сохранявшиеся вплоть до XIX века народные сказания о «трех женщинах», которые проживали в башне на скалах и были «прокляты». А на юге Германии и в альпийском регионе сохранились легенды о том, что данная башня исчезла от взора людей. Она являлась им только во время Рождества. Тогда людям представали «три женщины». Одна из них была одета в черное, вторая — наполовину в черное, наполовину в белое, третья — только в белые одежды.
После безуспешных попыток католической церкви справиться с народными верованиями, которые сопровождались беспощадным преследованием ведьм (на этом поприще в XIII веке наиболее «отличился» Конрад Марбургский), «три женщины» были интегрированы в католичество под видом Святой Эйнбед, Святой Варбед и Святой Вил(л)ьбед. В данном случае католическая церковь расписывалась в своей беспомощности, а потому была вынуждена санкционировать поклонение «трем женщинам», которым было придано «подобающее» истолкование.
В своих построениях Герман Вирт исходил из того, что Экстернштайн как «главное культовое место» Западной Европы был неразрывно связан с мотивом «распятого божества», очертания которого отчетливо читаются на четвертой скале. Исследователь полагал, что «распятое божество» было весьма распространенным символом во времена сооружения мегалитических объектов. В данном случае высказывалась мысль о том, что религия мегалитических гробниц была усовершенствованным космическим мифом, который уходил в культ предков, присущий Юго-Западной Европе (ориньякская культура). Если космическая проторелигия Западной Европы являлась мировоззрением охотников ледникового периода, то ориньякская культура была одним из проявлений мировой прарелигии, которая около 40 тысяч лет назад была распространена на просторах Северной Евразии. Постепенно эта мировая религия, по мнению Вирта, продвигалась на Восток. Религия мегалитических захоронений являлась ее «дочерним культом», второй западноевропейской религией, которая смогла распространиться в средиземноморском регионе, включая Северную Африку, Ближний Восток и Аравию-Ханаан.
Таким образом, делалось предположение, что приблизительно в 3-м тысячелетии до нашей эры люди, проживавшие в Западной Европе и на Ближнем Востоке, имели приблизительно одни и те же религиозные представления. Протосемитская религия, которая обращалась к «Отцу-небу», «Божественной матери», «матери земле» и «сыну Бога», была всего лишь отголоском прарелигии Западной Европы, культовым центром которой являлись скалы Экстернштайна.