Начало Второй мировой войны отнюдь не положило конец многочисленным противоречиям, которые касались не только Экстернштайна. Напротив, оккупация Германией части европейских территорий привела к тому, что между ведомством Розенберга и «Наследием предков» начались новые конфликты. Представители этих организаций в буквальном смысле слова следовали за солдатами вермахта, пытаясь закрепиться на «новых землях», а это в свою очередь приводило к новым трениям. Состоявшие на службе в СС исследователи и научные специалисты планировали, что в Польше они займут места польских ученых, вытеснив их из университетов, музеев и библиотек. О том, какими методами планировалось вести «вытеснение», говорит спецакция «Краков», которая была осуществлена 6 ноября 1939 года. Во время ее осуществления было арестовано около 200 польских профессоров, которые были направлены сначала в концентрационный лагерь Заксенхаузен, а затем в Дахау. Нет никакого сомнения в том, что многие немецкие археологи вынашивали мечту о том, что после окончания войны они смогли бы открыть для себя «terra incognita», а именно пространства Юго-Восточной Европы и Западной Азии. Кроме того, оккупационная политика, которую проводили немцы, давала для многих исследователей подобные «головокружительные возможности».
Начало Второй мировой войны в Германии, кроме всего прочего, было ознаменовано ограничением общественных мероприятий. Так, например, оказался закрыт доступ к скалам Экстернштайна. Это произошло четыре недели спустя после того, как Германия напала на Польшу. Руководство отдела «Аненэрбэ», который располагался в Хорне, посчитало, что данное распоряжение существенно ограничивало его деятельность. Впрочем, это предписание не мешало «Объединению друзей» и непосредственному управляющему руководству Экстернштайна проводить некоторые мероприятия. Это указывало на то, что «Наследию предков», несмотря на лишение Вильгельма Тойдта всех постов в эсэсовской организации, так и не удалось свести до минимального уровня влияние опального профессора на Экстернштайн.
В декабре 1939 года Имперское министерство пропаганды издало указ, согласно которому праздник зимнего солнцестояния мог проводиться только в тех областях, где не требовалось соблюдать светомаскировку. По этой причине в гау Север-Вестфалия празднество было фактически запрещено. Традиционно проводимое у четвертой скалы Экстернштайна празднество солнцестояния (как летнего, так и зимнего) фактически оказалось под запретом.
Дальнейшее преображение Экстернштайна и прилегающих к нему территорий застопорилось фактически после начала Второй мировой войны. Впрочем, начало боевых действий в Европе не было главной причиной этих задержек. Задуманный Рудольфом Мартином и Бруно Швайцером музей под открытым небом с несколькими десятками «древнегерманских построек» требовал немалых финансовых средств, которые пребывавшее в бедственном положении «Аненэрбэ» едва ли могло самостоятельно отыскать.
Также можно было бы предположить, что этот дорогостоящий проект пришелся не по вкусу Гиммлеру, который был известен своей бережливостью и рачительным отношением к деньгам. Однако письмо, которое рейхсфюрер СС написал в апреле 1940 года, показывает, что Гиммлер отчасти поддерживал идею создания музея под открытым небом. Он лишь несколько трансформировал ее в соответствии с собственными представлениями о том, как должна была выглядеть «германская святыня — Экстернштайн».
У двух проходов к скалам предполагалось возвести несколько строений в вестфальском крестьянском стиле. Попасть к Экстернштайну можно было, пройдя через них. В этих зданиях посетитель должен был приобрести буклет, посвященный скалам. Этот буклет должен был выполнять функцию входного билета. Гиммлер писал: «Таким образом, тетрадка с описанием утесов и их истории может быть оставлена на память в библиотеке, а кроме этого мы будем освобождены от необходимости продавать к германской святыне бесформенные билеты». Рейхсфюрер СС предполагал, что в каждом из помещений «крестьянских зданий» будут находиться картины и изображения Экстернштайна, рисунки того, как он выглядел в далеком прошлом. «Посетитель, который направится к Экстернштайну, будет духовно и психологически подготовленным». Кроме этого, Гиммлер планировал существенно изменить подъемы к первым трем скалам Экстернштайна. «Мы должны хотя бы в некоторой степени привести их в состояние, в котором они пребывали в глубоком прошлом. Я поручаю „Аненэрбэ“ привлечь специалистов по деревянному германскому зодчеству, которые должны спроектировать новые лестницы, изготовленные из дерева. Это должно происходить в тесном сотрудничестве с штурмбанфюрером Вайгелем. Мы должны избавиться от этих ужасных чугунных конструкций. Все проекты должны быть согласованы лично со мной. Каждый из них должен быть утвержден мною лично».