Короткую радость принесло ему весной 1895 года известие о том, что наконец-то продвинулось дело о создании физического института. Хлопоты об организации физического института Столетов не прекращал все время. Эти хлопоты делил с ним А. П. Соколов. Сколько просьб, сколько ходатайств подали Столетов и Соколов в правительственные учреждения, сколько визитов к высокопоставленным лицам наносили они, убеждая отпустить средства на постройку института! В конце концов ученым удалось получить принципиальное согласие начальства, но на этом дело и остановилось. То постройку откладывали, ссылаясь на то, что у государства нет средств на нее, так как в России голод и холера. То требовалось заняться сначала расширением и обновлением библиотеки, зоологического музея, музея древностей. Столетову казалось, что дело уже вовсе заглохло, но весной 1895 года его надежды воскресли — неожиданно пришло предложение представить смету на постройку института. Составив вместе с Соколовым смету, Столетов ждал дня, когда они получат распоряжение насчет постройки здания. Но дело снова заглохло. Так шло время.
Преследуемый университетским начальством, Столетов мечтает переехать в Киев, к своему старому товарищу М. П. Авенариусу. Он уже списывается с Авенариусом, но в сентябре получает горькое известие; Михаил Петрович Авенариус скончался. Память своего ушедшего друга Столетов почтил большой прочувствованной статьей. Подготавливая ее, он обращается к родственникам, коллегам и ученикам Авенариуса, и они шлют ему свои рассказы о профессоре. Столетов не хочет пропустить ни одной черты в деятельности Авенариуса. Для него драгоценна каждая, пусть самая незначительная, казалось бы, подробность жизни и деятельности передовых русских ученых.
Вспоминая этого милого человека, Столетов рассказал читателям о той громадной роли, которую сыграл Авенариус в развитии русской науки. Для Киева Авенариус стал тем, чем Столетов был для Московского университета. Столетов славит Авенариуса за создание в Киевском университете физической лаборатории, за то, что покойный вырастил многих талантливых молодых русских ученых — А И Надеждина, В. И. Зайончевского, К. Н. Жука, И. И. Косоногова.
Один за другим уходят старые товарищи.
Вот нет и Авенариуса. Столетов тяжело переживает эту потерю. Да и сам он становится все слабее. «Может быть, скоро и мой черед», — закрадывается мысль. А хочется сделать еще многое.
21 декабря 1895 года Столетов читает в Московском обществе любителей художеств лекцию о Леонардо да Винчи как естествоиспытателе.
Яркими мазками набрасывает Столетов перед слушателями образ великого человека, стоящего на рубеже новой эпохи. Самые заветные свои мысли излагает Столетов в этой лекции. Сравнивая Леонардо с Гете, Столетов предпочтение отдает Леонардо.
«Я уже намекнул, — пишет Столетов, — что в области научного мышления Винчи представляется более сильным, более многосторонним, чем творец «Фауста». Гете всюду остается художником, поэтом, пророком: в этом — но и только в этом — его сила даже в сфере науки. Гениальная интуиция, орлиный взор, с высоты охватывающий сложную группу явлений и в ее кажущемся хаосе уловляющий черты закономерности, — таков его прием. Дар, драгоценный на первых порах исследования, необходимый для всякого крупного научного деятеля. Но
Критикуя Гете за то, что тот боялся опыта и математики, Столетов снова излагает свою любимую мысль о том, что ученый должен гармонично сочетать в себе художника с аналитиком. Рассказывая о Леонардо, Столетов подчеркивает как великое достоинство этого деятеля то, что он никогда не преклонялся слепо перед опытом, боролся против голого эмпиризма. Он приводит слова Леонардо: «Всегда практика должна опираться на хорошую теорию», «Теория — полководец, практика — солдаты».
Мысли, вложенные в эти слова, — это мысли самого Столетова.
Он сам являл собой прекрасный образец гармонического сочетания ученого с художником. В нем также экспериментатор сочетался с теоретиком.
Он сам был «человеком нового времени». К нему самому могут быть отнесены эти слова, сказанные им о Леонардо.
Лекция о Леонардо была лебединой песней Столетова. Это его последняя общедоступная лекция. В начале 1896 года он переносит тяжелое рожистое воспаление. Он не может даже поехать во Владимир на похороны старшего брата Василия.
Едва оправившись после тяжелой болезни, он снова заболевает.
19 марта 1896 года Столетов пишет Михельсону: