Все его имущество было конфисковано. После недолго размышления он решил поселиться на территории Османской империи, в Багдаде, где тогда нашли убежище многие бабиды. Будучи человеком широко образованным, красноречивым и деятельным, он вскоре сделался заметной фигурой в среде эмигрантов. Часть бабидов уже тогда признала его лидерство, но в то же время против Хусейна Али сложилась сильная оппозиция во главе с официальным наследником Баба Собх-е Азалем.
Отношения с братом становились все напряженнее. Наконец, в апреле 1854 г Хусейн покинул Багдад и в поисках покоя отправился в горный Курдистан. Тут в крайней бедности он прожил два счастливых года, весь погрузившись в размышления о вверенной ему благой вести. «Наедине общались мы с духом нашим, предав забвению мир и все, что в нем», — писал он позже. Наконец отчаянные призывы бабидов заставили его вернуться. Он возвратился в Багдад в марте 1856 г, когда популярность его брата сошла на нет. (Человек молодой, плохо образованный, лишенный каких бы то ни было талантов, Собх-е Азаль совершенно не годился на роль, предназначенную ему Бабом). С этого времени Хусейн Али стал всеми признанным духовным лидером бабидского движения. В 1863 г Хусейн решил, что настало время рассказать некоторым из своих сподвижников о миссии, которой он был обличен в тюрьме Сиях-Чаль. Накануне своего отъезда в Стамбул (куда по просьбе шаха его заставили переехать турецкие власти) он вызвал к себе нескольких приближенных друзей и в саду Наджиб-паши открыл им, что он и есть тот самый Баха-Улла («Свет Божества»), о котором, как о своем высшем перевоплощении, сказал в одном из своих пророчеств Баб. Известие об этом распространилось среди бабидов. Переехав в Стамбул, Баха-Улла приступил к детальной разработке своего вероучения. Вытекая из бабизма, бахаизм имел много своих оригинальных черт. Если первый можно рассматривать как сектантское течение в рамках ислама, то второй обладал уже всеми признаками самостоятельной религии.
В своем учении Баха-Улла исходил из того, что земной мир лишь один из многих в беспредельном и бесконечно разнообразном космосе «Знайте же истину, что миры Господни неисчислимы и беспредельны, — писал он — Никто не может сосчитать и достигнуть их, кроме Бога Всезнающего, Всемудрого.
Созидание Бога охватывает все миры вне этого мира, и все созданное отличается друг от друга. В каждом из этих миров Он предопределил вещи, которые никто, кроме Него Самого, Всевидящего и Всемогущего, не может отыскать. «Развитие всей Вселенной и каждого отдельного мира движется к одной, назначенной Господом цели. Он направляет и поддерживает это движение силой Своих Откровений.
Переходя к истории человечества, Баха-Улла подчеркивал в ней особое значение сменяющих друг друга пророков или явителей божественной воли. Пророк приходит в назначенное ему время и свидетельствует о Боге, отражая Его волю точно так же, как чистейшее зеркало отражает солнечный свет. Он — путь, соединяющий человека с Богом («Я есмь путь, и истина, и жизнь, — говорил Иисус, — никто не приходит к Отцу, как только через Меня. Если бы вы знали Меня, то знали бы и Отца Моего» То же самое, считал Баха-Улла, мог сказать о себе любой из великих пророков, будь то Мухаммад или Будда). Каждый Явитель заключает в себе как бы три составляющих. Прежде всего, как и у всех людей, это бренное тело, которое рождается и умирает, и бессмертная душа. Но, помимо них, все пророки имеют в себе также святой дух — некую божественную субстанцию или энергию Бога. Пророк материализует эту энергию в слова, в учение, которое затем передается людям.