Партия уиклифистов в Чехии терпела поражение и вскоре должна была совсем исчезнуть, но тут, к счастью для нее, между королем и архиепископом возникли серьезные трения. Причиной их стал церковный раскол: в то время как архиепископ Збынек со всем капитулом продолжал ориентироваться на Рим, король Вацлав (выступавший за низложение обоих соперников — как римского Григория XII, так и авиньонского Бенедикта XIII) потребовал от своих подданных соблюдения нейтралитета. (Предполагалось, что на Пизанском соборе, созыв которого Вацлав активно поддерживал, будет наконец избран законный папа, который положит конец многолетнему расколу.) Споры о нейтралитете имели важные последствия для Пражского университета. С самого основания он не был чисто чешским национальным учреждением, поскольку служил главным умственным центром не только для чехов, но и для немцев. Согласно уставу, штат университета — как профессора, так и студенты — разделялся на четыре нации — чешскую, польскую, баварскую и саксонскую. Во всех делах внутреннего самоуправления каждая нация имела один голос. Формально этим провозглашалось равенство наций, но фактически такая организация обеспечивала полное господство немецкой партии, ибо баварцы и саксонцы были природными немцами, а в польскую нацию записывались по преимуществу выходцы из Силезии.
Вопрос о нейтралитете, возбужденный королем, вызвал в университете раскол по национальному признаку. Немецкие профессора и высшее чешское духовенство твердо стояли за Григория, а чешская партия, возглавляемая Гусом, единодушно высказалась за нейтралитет. Разгневанный архиепископ назвал Гуса «непокорным сыном церкви» и запретил исполнять какие бы то ни было священнические обязанности. Вместе с ним были отрешены остальные сторонники нейтралитета. Но эта мера, вместо того чтобы напугать чешскую нацию, воодушевила ее. Симпатии пражского населения были всецело на их стороне. Гус предложил обратиться к королю с прошением об изменении университетского устава таким образом, чтобы при решении всех вопросов голоса немцев и чехов были уравнены. Король поначалу принял Гуса очень недружелюбно, но потом удовлетворил его пожелание. Итогом всех этих движений стал раскол Пражского университета. Немцы, возмущенные новшеством, стали требовать восстановления своих прав. Вацлав вспылил, велел прогнать ректора, отобрать у него печать и ключи. Тогда 16 мая 1409 г. более пяти тысяч немцев — профессоров и студентов — оставили Прагу и удалились в Лейпциг, где основали новый немецкий университет.
В результате чешские последователи Уиклифа вновь усилились. Победа над немцами сделала имя Гуса необычайно популярным в Чехии, а особенно в Праге. В октябре 1409 г. прошли выборы первого после раскола ректора университета. Им вторично стал Ян Гус. Собравшийся в то же время при поддержке Вацлава собор прелатов в Пизе, избрал (в пику Григорию и Бенедикту) новым папой Александра V.
Архиепископ, после тщетной борьбы с королем, вынужден был признать этот выбор.
Но он продолжал оставаться врагом Гуса. В марте 1410 г. Збынек добился от папы буллы, осуждавшей ересь Уиклифа и дававшей ему самые широкие полномочия в ее искоренении. Спустя четыре месяца он велел публично сжечь все книги Уиклифа, которые ему удалось заполучить, а затем изрек проклятие Гусу и его сторонникам.
Но когда священники стали, согласно его распоряжению, провозглашать отлучение Гуса, народ силой воспротивился этому во всех церквях. Большинство пражских священников было так запугано, что уже не осмелилось повторять проклятие. Но кое-где сторонники архиепископа осилили. Почти целый месяц в пражских церквах продолжались беспорядки и замешательство. Наконец король строгими мерами прекратил их. В общем, в Чехии победа осталась за последователями Гуса. На его стороне всецело был университет и королевский двор, его горячо поддерживали жители Праги. Но за пределами королевства отношение к нему оставалось прямо противоположным — под влиянием папских булл здесь постепенно утверждалось мнение, что Гус настоящий еретик. Его стали требовать в Рим для разбирательства, но Гус не поехал, так как опасался расправы. Тогда в феврале 1411 г. его предали папскому проклятию. Однако Гус, не обращая внимания ни на архиепископские, ни на папские отлучения, продолжал проповедовать в своей часовне. В последние годы своей жизни он, подобно Уиклифу, много сил отдал переводу на чешский язык Библии. К этому времени уже имелись чешские переводы многих книг Священного Писания, но не все они были удовлетворительного качества, разнились по стилю и языку (единого литературного чешского языка в то время еще не существовало, бытовало несколько диалектов). Гус внимательно просмотрел все эти переводы, исправляя ошибки и огрехи, и, подобно Уиклифу, создал наконец для народа Библию, которую тот мог читать без затруднений.