Христос есть единственный центр всей жизни Богочеловека, а потому Его страдания есть собственные страдания Бога Слова, потому что страдала Его Собственная плоть, хотя Бог Сын по божеству Своему бесстрастен. Разбирая далее приведенный выше пример Нестория о человеческой душе и теле, Кирилл писал, что человек, конечно, состоит из души и тела, но это объединение не механическое (то есть нельзя сказать, что живой человек это просто «душа + тело»), но такое объединение, при котором они составляют живое единство. Такое же единство Божественного и человеческого в Богочеловеке Христе.
Это и другие послания Кирилла раздражали Нестория. Умело действуя при дворе, он старался для борьбы с оппонентами заручиться поддержкой императора. Однако, Феодосий не стал прямо вмешиваться в догматический спор и постановил разрешить его на Вселенском соборе. Согласно его воле третий Вселенский собор открылся в 431 г. в Эфесе. На него съехались представители Александрийской, Иерусалимской и Константинопольской церквей. Долго ждали епископов из Антиохийской митрополии и из Рима. Прождав гораздо более назначенного срока, председательствовавший на соборе Кирилл решил открыть его заседания. Несторий, однако, отказался присутствовать на них до тех пор, пока не соберутся все епископы. Рассмотрев заочно его учение, 200 епископов признали его еретическим и отлучили Нестория от церкви. Между тем прибыли в Эфес сирийские епископы во главе с Иоанном Антиохийским. Они не только не признали решение собора, но, в свою очередь, осудили Кирилла и приняли решение о его низложении. Вскоре приехали легаты из Рима, от тамошнего архиепископа Целестина. Разобравшись в доводах сторон, они присоединились к Кириллу, после чего собор отлучил от церковного общения самого Иоанна с сирийскими епископами.
Видя, что пожар церковной смуты усиливается с каждым днем, император Феодосии велел взять под стражу и Кирилла, и Нестория, а остальным епископам соединиться и найти какое-либо примеряющее решение. Но примирение не состоялось. Узнав о заключении Кирилла, монахи константинопольских монастырей во главе с архимандритами Далмацием и Евтихием с пением псалмов, с горящими светильниками и при многочисленном стечении народа отправились к дворцу императора и стали просить Феодосия, чтобы тот освободил Кирилла и подтвердил определения собора относительно Нестория. Эта демонстрация произвела на императора сильное впечатление, и он стал с этого времени решительнее поддерживать православных епископов. Низложенного Нестория отправили обратно в его антиохийский монастырь, а на его место поставили архиепископом Максимилиана.
Сирийские епископы, после отъезда из Константинополя, собрали в Антиохии поместный собор, на котором было выработано более точное исповедание веры. В нем говорилось, что Господь Иисус Христос совершенный Бог и совершенный человек и что на основании неслитного в нем единения Божества и человечества Пресвятая Дева Мария может быть названа Богородицей. Кирилл, когда ему переслали это исповедание, нашел его православным и подписался под ним. Таким образом, церковный мир был восстановлен.
Судьба Нестория после его низложения была печальной. Поначалу его заключение в монастыре Св. Евпрепия близ Антиохии было прикрыто знаками почтения. Но 435 г.
Иоанн Антиохийский подал в столицу представление, что Несторий настаивает на своем богохульстве и совращает многих от веры. Вследствие этого издан был указ о том, чтобы все книги ересиарха были сожжены, а все собрания несториан — закрыты.
Самого Нестория приговорили к ссылке сначала в Петру (уединенный город на границе с Аравией), а потом в Великий оазис на самом краю Ливийской пустыни.
Место это, окруженное океаном раскаленных песков, обыкновенно служило местом заключения для опасных государственных преступников. Спустя несколько лет на оазис совершили набег кочевники-блеммийцы. Несторий был захвачен в плен, но потом отпущен, как ни на что не годный старик. С трудом он добрался до византийских владений и сдался приграничному чиновнику. Тот был чрезвычайно обеспокоен грузом свалившейся на него ответственности, старался не спускать с Нестория глаз и постоянно перевозил его с собой с места на место. Утомленный скитаниями, Несторий однажды упал с лошади и сильно ушиб себе бок. В месте ушиба началась гангрена. По свидетельству церковного историка Евагрия, все тело ересиарха подверглось гниению, а язык был изъеден червями. Наконец, в сильнейших мучениях, он в 440 г. испустил дух.
Но ересь, посеянная Несторием, не умерла вместе с ним. Не все сирийские и месопотамские епископы согласились с исповеданием антиохийского собора.